More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2395 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  100 
 
 		 417 aa  825    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  61.18 
 
 		 491 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  60.45 
 
 		 487 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  59.05 
 
 		 490 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  58.75 
 
 		 486 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  58.67 
 
 		 488 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  58.67 
 
 		 488 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  61.58 
 
 		 497 aa  434  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  58.67 
 
 		 488 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  56.19 
 
 		 410 aa  422  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  57.44 
 
 		 513 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  55.41 
 
 		 408 aa  409  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  55.1 
 
 		 490 aa  409  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  54.03 
 
 		 523 aa  401  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  50.8 
 
 		 545 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  51.65 
 
 		 552 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 545 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  43.44 
 
 		 542 aa  335  9e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.48 
 
 		 516 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.48 
 
 		 516 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  45.98 
 
 		 505 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  45.48 
 
 		 506 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  43.8 
 
 		 507 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  43.8 
 
 		 507 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  45.65 
 
 		 509 aa  319  6e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  45.65 
 
 		 509 aa  318  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.54 
 
 		 510 aa  317  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  45.01 
 
 		 521 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 507 aa  317  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  47.08 
 
 		 513 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  45.08 
 
 		 483 aa  313  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.38 
 
 		 430 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  45.64 
 
 		 505 aa  311  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.11 
 
 		 430 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.11 
 
 		 430 aa  310  4e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.98 
 
 		 510 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  44.66 
 
 		 523 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  44.66 
 
 		 523 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 523 aa  298  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.4 
 
 		 500 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  43.12 
 
 		 401 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.36 
 
 		 407 aa  296  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 521 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 521 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 521 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 521 aa  296  5e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  40.61 
 
 		 407 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.61 
 
 		 407 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  40.61 
 
 		 407 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.61 
 
 		 407 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.61 
 
 		 407 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.36 
 
 		 407 aa  294  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.58 
 
 		 497 aa  294  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.36 
 
 		 407 aa  293  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.29 
 
 		 375 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.79 
 
 		 497 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.51 
 
 		 497 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.62 
 
 		 507 aa  265  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  35.84 
 
 		 672 aa  249  5e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  36.08 
 
 		 455 aa  246  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  38.93 
 
 		 509 aa  245  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  35 
 
 		 629 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  36.8 
 
 		 491 aa  239  5.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  34.91 
 
 		 571 aa  233  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.95 
 
 		 502 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  35.42 
 
 		 529 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  35.1 
 
 		 577 aa  229  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  33.67 
 
 		 489 aa  227  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  34.39 
 
 		 467 aa  224  2e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  33.95 
 
 		 500 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  35.75 
 
 		 488 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.38 
 
 		 438 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.11 
 
 		 482 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.11 
 
 		 482 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  37.87 
 
 		 439 aa  216  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.87 
 
 		 439 aa  216  4e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  33.6 
 
 		 525 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  36.49 
 
 		 527 aa  210  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.02 
 
 		 486 aa  209  7e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 599 aa  206  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  34.67 
 
 		 422 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 504 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  35.13 
 
 		 473 aa  203  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.51 
 
 		 627 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 502 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.57 
 
 		 508 aa  199  9e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  31.59 
 
 		 529 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  32.88 
 
 		 650 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  33.69 
 
 		 526 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 502 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 		 581 aa  196  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 498 aa  196  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.94 
 
 		 494 aa  196  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.2 
 
 		 538 aa  196  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.16 
 
 		 504 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  33.33 
 
 		 474 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0060  secretion protein HlyD precursor  33.24 
 
 		 477 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 500 aa  194  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1604  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.07 
 
 		 464 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.344035  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.41 
 
 		 509 aa  194  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>