More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3535 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  65.78 
 
 		 599 aa  775    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  71.14 
 
 		 472 aa  676    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  62.36 
 
 		 513 aa  671    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 529 aa  1097    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  74.8 
 
 		 650 aa  757    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  68.15 
 
 		 512 aa  666    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  74.34 
 
 		 500 aa  687    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  68.02 
 
 		 526 aa  686    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  65.67 
 
 		 502 aa  684    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  71.73 
 
 		 502 aa  683    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  53.22 
 
 		 640 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  51.68 
 
 		 502 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  49.53 
 
 		 460 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  47.33 
 
 		 427 aa  348  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.41 
 
 		 627 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  38.24 
 
 		 629 aa  277  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  35.32 
 
 		 500 aa  263  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  37.91 
 
 		 525 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  37.63 
 
 		 491 aa  262  8.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  39.34 
 
 		 529 aa  261  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  33.41 
 
 		 504 aa  257  5e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  36.24 
 
 		 672 aa  256  9e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  33.41 
 
 		 527 aa  249  8e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  35.68 
 
 		 489 aa  248  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  36.46 
 
 		 509 aa  246  8e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  34.73 
 
 		 455 aa  246  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  34.79 
 
 		 577 aa  243  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.72 
 
 		 526 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  33.41 
 
 		 581 aa  241  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 		 465 aa  241  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  38.15 
 
 		 502 aa  239  8e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 		 456 aa  238  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  34.01 
 
 		 571 aa  236  7e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 466 aa  233  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  31.78 
 
 		 467 aa  233  9e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  31 
 
 		 488 aa  232  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.65 
 
 		 457 aa  231  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  36.62 
 
 		 472 aa  231  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 547 aa  228  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  37.07 
 
 		 468 aa  228  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.45 
 
 		 568 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.96 
 
 		 510 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.59 
 
 		 460 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 545 aa  219  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.92 
 
 		 451 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  34.5 
 
 		 455 aa  219  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.69 
 
 		 510 aa  217  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  33.05 
 
 		 513 aa  216  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 545 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  33.59 
 
 		 521 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  33.24 
 
 		 505 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 		 683 aa  209  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 482 aa  208  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 438 aa  208  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 482 aa  208  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  31.82 
 
 		 377 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  33 
 
 		 552 aa  204  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.99 
 
 		 516 aa  203  5e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.99 
 
 		 516 aa  203  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.61 
 
 		 538 aa  203  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 537 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  32.78 
 
 		 417 aa  201  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 		 537 aa  200  5e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  30.62 
 
 		 422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.81 
 
 		 512 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 715 aa  197  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 537 aa  196  6e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  32.79 
 
 		 404 aa  196  6e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  31.22 
 
 		 546 aa  196  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.77 
 
 		 497 aa  193  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.81 
 
 		 607 aa  193  8e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.68 
 
 		 497 aa  193  8e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  31.82 
 
 		 542 aa  192  9e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  30.32 
 
 		 439 aa  192  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  34.47 
 
 		 625 aa  192  2e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.32 
 
 		 439 aa  192  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  32.04 
 
 		 490 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  31.33 
 
 		 473 aa  188  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 486 aa  188  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 		 500 aa  188  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.06 
 
 		 406 aa  186  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.28 
 
 		 627 aa  186  9e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  32.51 
 
 		 504 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  31.55 
 
 		 407 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 497 aa  184  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  31.99 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 488 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 488 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 488 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 486 aa  182  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  30.85 
 
 		 487 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 483 aa  180  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 472 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  33.78 
 
 		 473 aa  180  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>