More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1779 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  100 
 
 		 427 aa  885    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  46.65 
 
 		 599 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  44.78 
 
 		 526 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  45.36 
 
 		 650 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  44.44 
 
 		 513 aa  347  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  47.59 
 
 		 529 aa  346  4e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.5 
 
 		 513 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  44.3 
 
 		 512 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  44.5 
 
 		 513 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  44.5 
 
 		 514 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  44.5 
 
 		 513 aa  342  5e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  43.65 
 
 		 472 aa  341  1e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  44.12 
 
 		 502 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  44.12 
 
 		 500 aa  341  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  43.92 
 
 		 509 aa  339  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  43.32 
 
 		 502 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  42.54 
 
 		 640 aa  330  2e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  43.68 
 
 		 502 aa  324  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  40.62 
 
 		 460 aa  319  5e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.57 
 
 		 627 aa  279  8e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 525 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  35.79 
 
 		 629 aa  239  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  36.19 
 
 		 491 aa  236  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  40.32 
 
 		 502 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  34.32 
 
 		 672 aa  229  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.98 
 
 		 456 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  33.25 
 
 		 489 aa  226  9e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 465 aa  224  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  33.84 
 
 		 472 aa  223  6e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 		 504 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.1 
 
 		 460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  32.83 
 
 		 500 aa  219  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 488 aa  219  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  35.01 
 
 		 529 aa  219  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  33.42 
 
 		 466 aa  219  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  32.19 
 
 		 455 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 527 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  33.42 
 
 		 509 aa  217  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  32.47 
 
 		 577 aa  215  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 451 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  32.19 
 
 		 468 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 455 aa  212  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  31.23 
 
 		 571 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  33.41 
 
 		 439 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.41 
 
 		 439 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 		 581 aa  207  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.74 
 
 		 482 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.74 
 
 		 482 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 547 aa  207  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33 
 
 		 438 aa  206  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  34.65 
 
 		 483 aa  206  9e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 467 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  30.17 
 
 		 404 aa  201  9.999999999999999e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.25 
 
 		 526 aa  199  9e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.4 
 
 		 568 aa  189  9e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 510 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 510 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  33.14 
 
 		 625 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  30.55 
 
 		 404 aa  183  6e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 497 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 487 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.71 
 
 		 497 aa  180  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 		 545 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  30.1 
 
 		 401 aa  179  8e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  32.15 
 
 		 505 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  31.3 
 
 		 552 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.64 
 
 		 406 aa  178  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  31.03 
 
 		 545 aa  178  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 		 457 aa  176  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  31.88 
 
 		 513 aa  176  7e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  30.87 
 
 		 546 aa  176  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 683 aa  175  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.43 
 
 		 627 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  30 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 		 507 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  29.43 
 
 		 490 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.07 
 
 		 497 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 715 aa  173  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 		 538 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  30.65 
 
 		 422 aa  172  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.97 
 
 		 537 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.98 
 
 		 512 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 607 aa  171  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  28.8 
 
 		 504 aa  170  5e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  30.67 
 
 		 490 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 488 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 488 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  29.44 
 
 		 488 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 537 aa  166  9e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 537 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 705 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  29.65 
 
 		 473 aa  164  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  31.06 
 
 		 540 aa  163  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  29.47 
 
 		 542 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1502  component of copper transport system  26.21 
 
 		 417 aa  162  1e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000118001  normal  0.0300718 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  32.18 
 
 		 517 aa  161  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  27.49 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 473 aa  160  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  27.27 
 
 		 561 aa  160  6e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 500 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>