More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3042 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  77.03 
 
 		 490 aa  740    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  75.82 
 
 		 488 aa  741    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  75.82 
 
 		 488 aa  741    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 487 aa  964    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  75.82 
 
 		 488 aa  741    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  64.26 
 
 		 491 aa  590  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  59.45 
 
 		 417 aa  449  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  52.46 
 
 		 497 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  47.77 
 
 		 486 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  49.89 
 
 		 523 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  47.02 
 
 		 490 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  45.51 
 
 		 513 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  48.61 
 
 		 545 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  49.11 
 
 		 552 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  48.02 
 
 		 542 aa  367  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  49.11 
 
 		 410 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  48.07 
 
 		 545 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  49.02 
 
 		 408 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  41.81 
 
 		 521 aa  331  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  42.16 
 
 		 483 aa  330  4e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  41.27 
 
 		 505 aa  327  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.24 
 
 		 510 aa  323  4e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.47 
 
 		 510 aa  323  5e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  43.02 
 
 		 513 aa  319  7e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  40.04 
 
 		 506 aa  316  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.04 
 
 		 516 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.04 
 
 		 516 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  39.61 
 
 		 509 aa  311  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  39.13 
 
 		 505 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  39.12 
 
 		 509 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  38.77 
 
 		 507 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  38.77 
 
 		 507 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  38.77 
 
 		 507 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 		 523 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.27 
 
 		 500 aa  302  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.04 
 
 		 497 aa  300  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 521 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 521 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 521 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  37.42 
 
 		 521 aa  300  4e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  37.2 
 
 		 523 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.12 
 
 		 497 aa  297  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 		 523 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.28 
 
 		 497 aa  292  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.3 
 
 		 407 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  40.05 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.05 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.05 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  40.05 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.05 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  40.05 
 
 		 407 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.8 
 
 		 407 aa  280  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.37 
 
 		 430 aa  279  6e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.37 
 
 		 430 aa  279  9e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.1 
 
 		 430 aa  278  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  38.11 
 
 		 502 aa  276  8e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.05 
 
 		 507 aa  269  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.23 
 
 		 375 aa  268  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  35.54 
 
 		 577 aa  265  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  34.88 
 
 		 571 aa  260  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  33.68 
 
 		 629 aa  260  5.0000000000000005e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  33.05 
 
 		 672 aa  253  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  34.23 
 
 		 491 aa  253  5.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  39.06 
 
 		 401 aa  245  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  32.31 
 
 		 489 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  37.14 
 
 		 455 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  34.71 
 
 		 509 aa  226  5.0000000000000005e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.14 
 
 		 512 aa  224  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  37.02 
 
 		 439 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.02 
 
 		 439 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.18 
 
 		 438 aa  223  6e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.94 
 
 		 504 aa  220  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  30.97 
 
 		 529 aa  219  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 482 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  34.81 
 
 		 525 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.92 
 
 		 482 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 537 aa  216  7e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 538 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.3 
 
 		 537 aa  211  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  30.57 
 
 		 546 aa  211  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.09 
 
 		 517 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 537 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36 
 
 		 486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  30.81 
 
 		 540 aa  197  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  32.75 
 
 		 581 aa  196  7e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  32.17 
 
 		 500 aa  194  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 488 aa  194  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  31.73 
 
 		 650 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.77 
 
 		 494 aa  191  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  34.32 
 
 		 527 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  31.88 
 
 		 467 aa  191  4e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 627 aa  189  7e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 599 aa  189  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 502 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  32.08 
 
 		 472 aa  182  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  30.69 
 
 		 512 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  34.17 
 
 		 526 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  30.58 
 
 		 427 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 547 aa  180  7e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 498 aa  179  9e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>