More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3782 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  70.91 
 
 		 599 aa  685    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  81.52 
 
 		 513 aa  853    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  81.91 
 
 		 513 aa  860    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  85.21 
 
 		 472 aa  860    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  80.54 
 
 		 513 aa  849    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  82.1 
 
 		 513 aa  853    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  81.75 
 
 		 514 aa  851    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  66.16 
 
 		 529 aa  681    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  73.38 
 
 		 650 aa  684    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  78.02 
 
 		 512 aa  799    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  94.22 
 
 		 500 aa  956    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  79.69 
 
 		 509 aa  840    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  71.27 
 
 		 526 aa  658    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 502 aa  1043    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  93.82 
 
 		 502 aa  953    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  54.92 
 
 		 640 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  51.43 
 
 		 502 aa  489  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  57.41 
 
 		 460 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  43.05 
 
 		 427 aa  331  2e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 		 627 aa  306  5.0000000000000004e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  36.53 
 
 		 629 aa  264  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  33.84 
 
 		 500 aa  263  8e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  38.65 
 
 		 529 aa  260  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  38.52 
 
 		 491 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  31.86 
 
 		 504 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  33.19 
 
 		 527 aa  251  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 455 aa  250  5e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.05 
 
 		 526 aa  249  8e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 		 502 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  34.95 
 
 		 672 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  36.07 
 
 		 509 aa  242  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  34.07 
 
 		 571 aa  239  6.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 581 aa  239  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  35.03 
 
 		 489 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  34.49 
 
 		 577 aa  234  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.88 
 
 		 465 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  33.67 
 
 		 525 aa  233  5e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  31.62 
 
 		 467 aa  232  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 488 aa  232  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 568 aa  230  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.02 
 
 		 457 aa  230  6e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 		 456 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  37.01 
 
 		 466 aa  222  9e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  35.32 
 
 		 472 aa  218  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.9 
 
 		 510 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  36.41 
 
 		 468 aa  216  7e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 516 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.65 
 
 		 516 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  34.19 
 
 		 513 aa  212  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.61 
 
 		 510 aa  211  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  33.24 
 
 		 547 aa  210  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  34.36 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.38 
 
 		 460 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  35.07 
 
 		 545 aa  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.36 
 
 		 438 aa  208  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  35.34 
 
 		 545 aa  207  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 455 aa  207  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  32.43 
 
 		 521 aa  207  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 482 aa  207  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 		 482 aa  207  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  32.99 
 
 		 451 aa  206  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  30.47 
 
 		 683 aa  206  9e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  35.07 
 
 		 552 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.83 
 
 		 538 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.98 
 
 		 500 aa  199  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.34 
 
 		 537 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  34.26 
 
 		 417 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  29.98 
 
 		 715 aa  195  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  31.82 
 
 		 377 aa  194  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 537 aa  194  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  33.78 
 
 		 404 aa  194  4e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.7 
 
 		 607 aa  193  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.93 
 
 		 406 aa  192  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  32.97 
 
 		 542 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  30.58 
 
 		 546 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  31.17 
 
 		 422 aa  189  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.07 
 
 		 537 aa  188  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  32.32 
 
 		 490 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.81 
 
 		 627 aa  186  9e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  33.33 
 
 		 407 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  29.71 
 
 		 439 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.33 
 
 		 407 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 439 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.74 
 
 		 512 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 404 aa  183  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 523 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 523 aa  179  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  30.42 
 
 		 504 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 523 aa  179  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.06 
 
 		 375 aa  179  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  31.93 
 
 		 487 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  31.69 
 
 		 497 aa  178  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.06 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  33.7 
 
 		 430 aa  176  7e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>