More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05406 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  100 
 
 		 513 aa  1020    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  76.65 
 
 		 510 aa  763    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  74.46 
 
 		 510 aa  744    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  62.52 
 
 		 505 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.27 
 
 		 516 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.27 
 
 		 516 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  54.96 
 
 		 521 aa  531  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  47.46 
 
 		 545 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  44.79 
 
 		 545 aa  438  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  49.57 
 
 		 552 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  45.4 
 
 		 542 aa  414  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  45.7 
 
 		 483 aa  363  5.0000000000000005e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.15 
 
 		 500 aa  357  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  44.4 
 
 		 513 aa  357  2.9999999999999997e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  42.27 
 
 		 506 aa  356  5e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.67 
 
 		 497 aa  354  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  45.6 
 
 		 490 aa  355  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  41.02 
 
 		 507 aa  349  6e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  41.02 
 
 		 507 aa  349  6e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  42.15 
 
 		 505 aa  348  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  40.62 
 
 		 507 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  42.06 
 
 		 509 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  41.77 
 
 		 509 aa  343  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.43 
 
 		 497 aa  333  6e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.52 
 
 		 497 aa  332  8e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  44.42 
 
 		 497 aa  330  3e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  39.05 
 
 		 523 aa  330  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 		 486 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.52 
 
 		 507 aa  327  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  43.27 
 
 		 490 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  45.08 
 
 		 491 aa  326  5e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 523 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  42.54 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  42.54 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  42.54 
 
 		 488 aa  326  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 521 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 521 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 521 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 521 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  43.92 
 
 		 487 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  38.66 
 
 		 523 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  42.27 
 
 		 523 aa  321  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  47.08 
 
 		 417 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  45.48 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  45.11 
 
 		 408 aa  292  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  41.06 
 
 		 401 aa  262  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  35.41 
 
 		 672 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  35.96 
 
 		 491 aa  256  7e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.26 
 
 		 538 aa  253  6e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.86 
 
 		 512 aa  252  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  36.14 
 
 		 509 aa  248  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.35 
 
 		 517 aa  245  9.999999999999999e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 		 502 aa  245  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.12 
 
 		 537 aa  244  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.01 
 
 		 430 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  32.44 
 
 		 546 aa  243  6e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  35.21 
 
 		 629 aa  243  7.999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.75 
 
 		 430 aa  242  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.75 
 
 		 430 aa  242  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  35.27 
 
 		 571 aa  242  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  33.79 
 
 		 577 aa  239  9e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.41 
 
 		 537 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.67 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.67 
 
 		 407 aa  237  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  32.12 
 
 		 540 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.67 
 
 		 537 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.13 
 
 		 375 aa  233  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  35.87 
 
 		 500 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  30.69 
 
 		 504 aa  229  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 455 aa  224  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.15 
 
 		 482 aa  223  8e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.15 
 
 		 482 aa  223  8e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  35.13 
 
 		 500 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.01 
 
 		 486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.51 
 
 		 438 aa  218  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  34.28 
 
 		 502 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  36.51 
 
 		 473 aa  217  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 		 502 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 529 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.99 
 
 		 509 aa  211  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  36.68 
 
 		 475 aa  211  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.04 
 
 		 508 aa  210  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  33.08 
 
 		 467 aa  209  1e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.4 
 
 		 494 aa  209  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  31.11 
 
 		 489 aa  209  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  32.62 
 
 		 472 aa  207  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  34.17 
 
 		 640 aa  205  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  33.99 
 
 		 526 aa  205  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  31.28 
 
 		 513 aa  204  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  32.49 
 
 		 650 aa  204  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  32.1 
 
 		 513 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 512 aa  204  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  32.1 
 
 		 514 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.72 
 
 		 439 aa  203  5e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>