More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3508 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  100 
 
 		 460 aa  952    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  66.19 
 
 		 502 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  70.8 
 
 		 640 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  53.62 
 
 		 599 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  52.11 
 
 		 512 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  55.42 
 
 		 502 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  57.41 
 
 		 500 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.89 
 
 		 513 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  54.81 
 
 		 526 aa  449  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  53.51 
 
 		 509 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  57.41 
 
 		 502 aa  451  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  52.18 
 
 		 513 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  51.89 
 
 		 513 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  51.65 
 
 		 514 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  51.65 
 
 		 513 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  51.18 
 
 		 650 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  55.68 
 
 		 472 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  50.48 
 
 		 529 aa  424  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  40.62 
 
 		 427 aa  317  4e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.35 
 
 		 627 aa  256  6e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 		 502 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  35.29 
 
 		 629 aa  252  9.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  35.36 
 
 		 455 aa  244  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  34.65 
 
 		 525 aa  243  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  34.68 
 
 		 672 aa  238  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  35 
 
 		 509 aa  236  7e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 488 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  34.36 
 
 		 500 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  35.64 
 
 		 491 aa  234  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  32.78 
 
 		 466 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.42 
 
 		 456 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  34.77 
 
 		 529 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  32.61 
 
 		 577 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  32.63 
 
 		 489 aa  217  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.33 
 
 		 465 aa  216  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  32.45 
 
 		 571 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  32.31 
 
 		 467 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.4 
 
 		 526 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 504 aa  213  7e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 547 aa  211  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 683 aa  211  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 451 aa  211  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 468 aa  211  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 552 aa  210  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  33.69 
 
 		 521 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  31.27 
 
 		 422 aa  209  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  32.98 
 
 		 527 aa  209  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 		 460 aa  206  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  34.14 
 
 		 545 aa  206  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 		 715 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  32.45 
 
 		 472 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  32.8 
 
 		 542 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 510 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.87 
 
 		 457 aa  200  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 516 aa  200  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 516 aa  200  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 		 455 aa  197  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.8 
 
 		 497 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.8 
 
 		 510 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.5 
 
 		 568 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 488 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 488 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.07 
 
 		 497 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 488 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  32.68 
 
 		 513 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  31.89 
 
 		 505 aa  190  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  32.96 
 
 		 545 aa  189  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.67 
 
 		 500 aa  189  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 		 538 aa  188  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 537 aa  188  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.15 
 
 		 512 aa  188  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  31.61 
 
 		 473 aa  187  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.96 
 
 		 486 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  31.87 
 
 		 377 aa  187  5e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  30.39 
 
 		 417 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 406 aa  183  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 472 aa  183  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  30.45 
 
 		 546 aa  182  8.000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.54 
 
 		 537 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 523 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 		 507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 523 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 521 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 521 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 523 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 521 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 521 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 537 aa  180  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  32.88 
 
 		 490 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 		 483 aa  179  8e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  31.39 
 
 		 487 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 509 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 509 aa  177  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  32.03 
 
 		 473 aa  177  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  32.62 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.97 
 
 		 504 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  32.42 
 
 		 523 aa  176  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 		 497 aa  176  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  30.67 
 
 		 404 aa  176  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 507 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>