More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1260 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 497 aa  1016    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  85.51 
 
 		 497 aa  890    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.28 
 
 		 497 aa  606  9.999999999999999e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  61.19 
 
 		 507 aa  598  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  58.35 
 
 		 483 aa  547  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  56.4 
 
 		 401 aa  448  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  42.53 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  38.54 
 
 		 521 aa  350  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  40.76 
 
 		 552 aa  343  5e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  43.15 
 
 		 545 aa  342  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  40.99 
 
 		 523 aa  339  5.9999999999999996e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  37.89 
 
 		 505 aa  336  5.999999999999999e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  39.92 
 
 		 486 aa  328  9e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  42.08 
 
 		 545 aa  328  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  36.74 
 
 		 509 aa  326  7e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.7 
 
 		 510 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  40.22 
 
 		 513 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.74 
 
 		 510 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  41.44 
 
 		 542 aa  322  7e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  37.78 
 
 		 506 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.69 
 
 		 516 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.69 
 
 		 516 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  40.09 
 
 		 490 aa  319  6e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  36.83 
 
 		 507 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  37.15 
 
 		 507 aa  317  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  37.15 
 
 		 507 aa  317  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  41.53 
 
 		 497 aa  315  9e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  36.64 
 
 		 509 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 		 523 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  37.86 
 
 		 505 aa  313  5.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.82 
 
 		 500 aa  312  6.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  43.26 
 
 		 410 aa  309  8e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 521 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 521 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 521 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 521 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 		 523 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 523 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  38.97 
 
 		 491 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  39.12 
 
 		 487 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 488 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 488 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  38.87 
 
 		 488 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  38.12 
 
 		 490 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  42.19 
 
 		 408 aa  295  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  40.67 
 
 		 417 aa  277  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  35.46 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.53 
 
 		 512 aa  256  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  34.93 
 
 		 571 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.53 
 
 		 517 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  36.75 
 
 		 407 aa  250  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.75 
 
 		 407 aa  250  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.75 
 
 		 407 aa  250  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.75 
 
 		 407 aa  250  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.75 
 
 		 407 aa  250  5e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  36.75 
 
 		 407 aa  250  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  33.19 
 
 		 672 aa  249  8e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  32.74 
 
 		 504 aa  249  9e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.75 
 
 		 407 aa  249  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  33.7 
 
 		 629 aa  248  1e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.5 
 
 		 407 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  35.94 
 
 		 489 aa  244  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.23 
 
 		 430 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.59 
 
 		 430 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37 
 
 		 430 aa  240  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  35.73 
 
 		 502 aa  239  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.67 
 
 		 538 aa  238  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.43 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.13 
 
 		 537 aa  238  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  31.53 
 
 		 540 aa  236  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  31.79 
 
 		 509 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  33.19 
 
 		 491 aa  233  6e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.06 
 
 		 537 aa  228  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  35.5 
 
 		 500 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  31.49 
 
 		 546 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  35.53 
 
 		 683 aa  218  2.9999999999999998e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  29.93 
 
 		 525 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  31.47 
 
 		 581 aa  215  9.999999999999999e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  34.23 
 
 		 422 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  34.93 
 
 		 467 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  34.15 
 
 		 488 aa  211  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  30.36 
 
 		 529 aa  208  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 		 627 aa  207  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  35.25 
 
 		 439 aa  206  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.25 
 
 		 439 aa  206  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  34.76 
 
 		 455 aa  205  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  30.6 
 
 		 537 aa  205  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 502 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.39 
 
 		 438 aa  204  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.67 
 
 		 482 aa  204  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  32.79 
 
 		 478 aa  204  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.67 
 
 		 482 aa  204  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0060  secretion protein HlyD precursor  34.03 
 
 		 477 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.17 
 
 		 456 aa  201  3e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  34.99 
 
 		 526 aa  200  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.66 
 
 		 465 aa  200  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  36.26 
 
 		 640 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 504 aa  196  8.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  32.59 
 
 		 474 aa  196  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  33.07 
 
 		 460 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>