More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6300 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 500 aa  987    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  55.92 
 
 		 506 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  55.16 
 
 		 505 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  55.29 
 
 		 509 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  54.19 
 
 		 509 aa  474  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  53.14 
 
 		 523 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  54.55 
 
 		 507 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  52.89 
 
 		 507 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  52.89 
 
 		 507 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  52.93 
 
 		 521 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  52.93 
 
 		 521 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  52.51 
 
 		 523 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  52.93 
 
 		 521 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  52.3 
 
 		 523 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  52.93 
 
 		 521 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  48.53 
 
 		 545 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  48.53 
 
 		 552 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  42.91 
 
 		 505 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  45.35 
 
 		 545 aa  360  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.83 
 
 		 510 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  42.98 
 
 		 521 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  46.61 
 
 		 513 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.34 
 
 		 516 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.34 
 
 		 516 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.12 
 
 		 510 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  44.82 
 
 		 490 aa  343  4e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  44.07 
 
 		 491 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  44.89 
 
 		 513 aa  342  8e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  45.43 
 
 		 497 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  44.59 
 
 		 542 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  44.87 
 
 		 483 aa  333  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.29 
 
 		 497 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.08 
 
 		 497 aa  323  5e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  42.49 
 
 		 490 aa  323  6e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  42.58 
 
 		 523 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.51 
 
 		 497 aa  320  5e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  42.14 
 
 		 487 aa  316  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.37 
 
 		 507 aa  316  5e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  41.25 
 
 		 488 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  41.25 
 
 		 488 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  41.25 
 
 		 488 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  42.09 
 
 		 410 aa  313  4.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  45.13 
 
 		 408 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  40.73 
 
 		 486 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  44.61 
 
 		 417 aa  299  6e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  41.56 
 
 		 401 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.22 
 
 		 502 aa  270  5e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  34.14 
 
 		 672 aa  267  4e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.82 
 
 		 512 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  37.83 
 
 		 517 aa  263  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  34.21 
 
 		 629 aa  250  5e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.19 
 
 		 407 aa  249  7e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  38.26 
 
 		 407 aa  247  4e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.26 
 
 		 407 aa  247  4e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  35.45 
 
 		 430 aa  247  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.26 
 
 		 407 aa  247  4e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.26 
 
 		 407 aa  247  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.26 
 
 		 407 aa  247  4e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  35.45 
 
 		 430 aa  247  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  38.26 
 
 		 407 aa  247  4e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.26 
 
 		 407 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  33.19 
 
 		 571 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  36.17 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.61 
 
 		 375 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.97 
 
 		 538 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  33.74 
 
 		 504 aa  242  9e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  36.84 
 
 		 491 aa  239  5.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  31.06 
 
 		 577 aa  239  8e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.11 
 
 		 537 aa  238  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  31.8 
 
 		 489 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 537 aa  234  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  33.94 
 
 		 546 aa  233  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  36.84 
 
 		 581 aa  233  8.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  37.06 
 
 		 500 aa  232  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  37.56 
 
 		 422 aa  230  6e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  35 
 
 		 509 aa  228  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  32.45 
 
 		 540 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33 
 
 		 537 aa  217  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  33.73 
 
 		 467 aa  213  5.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  33.76 
 
 		 502 aa  210  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  36.92 
 
 		 715 aa  209  1e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  35.46 
 
 		 529 aa  207  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  34.34 
 
 		 502 aa  206  8e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  35.11 
 
 		 526 aa  205  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  33.79 
 
 		 500 aa  204  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 513 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  31.71 
 
 		 513 aa  202  9e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.09 
 
 		 465 aa  202  9e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  31.47 
 
 		 514 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.47 
 
 		 513 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  34.44 
 
 		 509 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  31.47 
 
 		 513 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 		 512 aa  201  3e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  33.52 
 
 		 502 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 488 aa  200  6e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  34.37 
 
 		 473 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  36.44 
 
 		 472 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  34.08 
 
 		 472 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.66 
 
 		 568 aa  196  6e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>