More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6135 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  100 
 
 		 521 aa  1041    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.42 
 
 		 516 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.42 
 
 		 516 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  55.34 
 
 		 513 aa  531  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.87 
 
 		 510 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.01 
 
 		 510 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  54.12 
 
 		 505 aa  496  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  51.29 
 
 		 545 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  50.75 
 
 		 545 aa  451  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  50.33 
 
 		 552 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  45.4 
 
 		 542 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  41.95 
 
 		 506 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.54 
 
 		 497 aa  354  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  41.96 
 
 		 507 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  41.96 
 
 		 507 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.93 
 
 		 497 aa  352  8e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  43.16 
 
 		 513 aa  350  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.52 
 
 		 500 aa  350  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  41.04 
 
 		 505 aa  347  4e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  40.7 
 
 		 507 aa  346  7e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  41.87 
 
 		 483 aa  342  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  43.86 
 
 		 490 aa  342  1e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  39.64 
 
 		 509 aa  339  7e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  44.29 
 
 		 490 aa  339  8e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.14 
 
 		 497 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  40.13 
 
 		 523 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  38.79 
 
 		 509 aa  336  7e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  40.13 
 
 		 521 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  40.13 
 
 		 521 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  40.13 
 
 		 521 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  40.13 
 
 		 521 aa  333  3e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  42.32 
 
 		 487 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.41 
 
 		 507 aa  332  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  44.57 
 
 		 491 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 		 523 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  43.64 
 
 		 488 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  43.64 
 
 		 488 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  43.64 
 
 		 488 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  38.96 
 
 		 523 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  41.63 
 
 		 497 aa  323  4e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  44.77 
 
 		 417 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  41.94 
 
 		 410 aa  311  2e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  42.79 
 
 		 408 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  40.77 
 
 		 523 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  37.35 
 
 		 486 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  41.29 
 
 		 401 aa  287  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  34.62 
 
 		 538 aa  272  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  33.79 
 
 		 537 aa  264  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.4 
 
 		 537 aa  264  3e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.69 
 
 		 407 aa  259  6e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  39.12 
 
 		 407 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.12 
 
 		 407 aa  259  7e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  39.12 
 
 		 407 aa  259  7e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.12 
 
 		 407 aa  259  7e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.12 
 
 		 407 aa  259  7e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.12 
 
 		 407 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.12 
 
 		 407 aa  259  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  35.97 
 
 		 546 aa  257  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.98 
 
 		 430 aa  257  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.98 
 
 		 430 aa  256  9e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  37.7 
 
 		 430 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  38.07 
 
 		 375 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  34.27 
 
 		 504 aa  251  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  37.62 
 
 		 491 aa  247  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  34.6 
 
 		 537 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 540 aa  243  6e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.3 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  36.08 
 
 		 629 aa  240  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  30.74 
 
 		 577 aa  237  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 512 aa  237  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  35.12 
 
 		 672 aa  236  9e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  35.09 
 
 		 509 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  32.53 
 
 		 467 aa  229  8e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  30.14 
 
 		 571 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.39 
 
 		 508 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  35.24 
 
 		 500 aa  224  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.29 
 
 		 509 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.06 
 
 		 486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  32.92 
 
 		 525 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  38.36 
 
 		 455 aa  221  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  34.84 
 
 		 715 aa  219  8.999999999999998e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  33.41 
 
 		 422 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  37.22 
 
 		 473 aa  218  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  34.87 
 
 		 488 aa  218  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  38.23 
 
 		 477 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  37.97 
 
 		 472 aa  213  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 683 aa  213  9e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  34.39 
 
 		 581 aa  212  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  33.69 
 
 		 460 aa  210  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 529 aa  208  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  34.42 
 
 		 475 aa  208  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  32.85 
 
 		 509 aa  208  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 500 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 502 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 502 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  35.47 
 
 		 640 aa  207  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  36.31 
 
 		 451 aa  207  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.484161  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4358  secretion protein HlyD  34.33 
 
 		 472 aa  206  8e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  35.34 
 
 		 498 aa  206  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>