More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0267 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 502 aa  1043    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  71.77 
 
 		 640 aa  634  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  66.19 
 
 		 460 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  53.78 
 
 		 502 aa  484  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  52.76 
 
 		 509 aa  475  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  50.92 
 
 		 500 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.55 
 
 		 513 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  51.43 
 
 		 502 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  50.42 
 
 		 512 aa  473  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  50.87 
 
 		 472 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  51.88 
 
 		 513 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  52.6 
 
 		 650 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  51.55 
 
 		 513 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  51.55 
 
 		 514 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  51.33 
 
 		 513 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  53.44 
 
 		 526 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  51.94 
 
 		 599 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  51.32 
 
 		 529 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  43.68 
 
 		 427 aa  322  9.999999999999999e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.85 
 
 		 627 aa  296  5e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  33.33 
 
 		 500 aa  265  1e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  39.39 
 
 		 672 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  37.09 
 
 		 629 aa  248  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 		 525 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  37.8 
 
 		 491 aa  246  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  33.91 
 
 		 527 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  37.53 
 
 		 455 aa  244  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  38.07 
 
 		 502 aa  243  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  36.44 
 
 		 489 aa  241  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  34.28 
 
 		 571 aa  236  7e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.83 
 
 		 526 aa  236  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  34.22 
 
 		 577 aa  234  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 488 aa  231  3e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 504 aa  229  8e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.53 
 
 		 465 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  35.81 
 
 		 509 aa  229  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 547 aa  229  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  34.54 
 
 		 529 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 		 456 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  34.84 
 
 		 545 aa  220  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  35.15 
 
 		 552 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.53 
 
 		 568 aa  218  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  34.27 
 
 		 466 aa  216  8e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 		 483 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 472 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  34.64 
 
 		 468 aa  212  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 545 aa  212  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.96 
 
 		 460 aa  211  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.69 
 
 		 497 aa  208  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 683 aa  207  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.54 
 
 		 500 aa  206  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 455 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 497 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 715 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 451 aa  203  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  32.52 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.72 
 
 		 497 aa  202  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  27.77 
 
 		 581 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.04 
 
 		 457 aa  199  9e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  32.18 
 
 		 542 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.44 
 
 		 516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.44 
 
 		 516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  33.6 
 
 		 521 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.83 
 
 		 538 aa  197  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  31.66 
 
 		 505 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 507 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  29.95 
 
 		 467 aa  193  7e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  32.68 
 
 		 513 aa  192  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 509 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 537 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.08 
 
 		 537 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 509 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 523 aa  191  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 523 aa  190  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 523 aa  190  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  32.01 
 
 		 507 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  32.01 
 
 		 507 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 521 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.63 
 
 		 438 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 521 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 521 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  31.65 
 
 		 521 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  31.46 
 
 		 417 aa  187  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 507 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 482 aa  187  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.17 
 
 		 482 aa  187  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.59 
 
 		 510 aa  186  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  32.1 
 
 		 506 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  32.43 
 
 		 491 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  32.2 
 
 		 439 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.2 
 
 		 439 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.71 
 
 		 505 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  30.62 
 
 		 473 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.95 
 
 		 486 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  33.6 
 
 		 513 aa  183  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.4 
 
 		 510 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  32.08 
 
 		 473 aa  182  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 		 401 aa  181  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 488 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>