More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0211 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  70.75 
 
 		 513 aa  670    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  69.48 
 
 		 509 aa  670    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  69.33 
 
 		 472 aa  682    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  70.54 
 
 		 513 aa  668    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  71.61 
 
 		 500 aa  681    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  65.14 
 
 		 526 aa  665    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  69.48 
 
 		 512 aa  670    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  69.44 
 
 		 514 aa  671    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  76.23 
 
 		 599 aa  979    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  100 
 
 		 650 aa  1354    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  72.76 
 
 		 529 aa  748    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.97 
 
 		 513 aa  680    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  70.97 
 
 		 513 aa  672    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  71.73 
 
 		 502 aa  687    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  72.56 
 
 		 502 aa  688    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  49.77 
 
 		 640 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  52.6 
 
 		 502 aa  481  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  51.55 
 
 		 460 aa  443  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  45.36 
 
 		 427 aa  348  2e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.46 
 
 		 627 aa  306  1.0000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  37.47 
 
 		 629 aa  261  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  35.89 
 
 		 500 aa  261  4e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  38.25 
 
 		 491 aa  255  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  38.48 
 
 		 529 aa  251  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  35.42 
 
 		 672 aa  244  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  34.46 
 
 		 455 aa  244  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.31 
 
 		 502 aa  244  5e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  32.7 
 
 		 504 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  34.93 
 
 		 489 aa  242  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  33.48 
 
 		 581 aa  241  4e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  33.66 
 
 		 525 aa  238  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.52 
 
 		 526 aa  230  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  34.7 
 
 		 488 aa  228  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.83 
 
 		 457 aa  228  4e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  35.75 
 
 		 571 aa  227  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  31.17 
 
 		 527 aa  226  8e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  34.05 
 
 		 509 aa  225  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.89 
 
 		 465 aa  225  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  31.68 
 
 		 467 aa  224  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  34.42 
 
 		 577 aa  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  35.9 
 
 		 466 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.37 
 
 		 456 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  36.1 
 
 		 472 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  36.1 
 
 		 468 aa  217  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 552 aa  213  9e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  34.41 
 
 		 545 aa  213  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 451 aa  211  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.37 
 
 		 568 aa  211  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 545 aa  210  8e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.38 
 
 		 460 aa  210  8e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 547 aa  206  9e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.9 
 
 		 510 aa  206  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.31 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.31 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 438 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  32.19 
 
 		 513 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 455 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 482 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 482 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.62 
 
 		 510 aa  200  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 683 aa  200  7e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  33.15 
 
 		 490 aa  198  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  32.28 
 
 		 521 aa  196  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 715 aa  196  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  32.45 
 
 		 537 aa  195  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  32.58 
 
 		 505 aa  194  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  32.87 
 
 		 417 aa  194  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  34.92 
 
 		 625 aa  193  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 487 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  33.06 
 
 		 404 aa  192  2e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  31.17 
 
 		 546 aa  190  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.13 
 
 		 512 aa  190  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  32.61 
 
 		 542 aa  190  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 538 aa  187  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.03 
 
 		 500 aa  187  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 		 523 aa  187  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.98 
 
 		 607 aa  187  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 		 523 aa  187  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 		 523 aa  186  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.23 
 
 		 537 aa  187  8e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 488 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.85 
 
 		 627 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 488 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 488 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.93 
 
 		 406 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  29.84 
 
 		 422 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 537 aa  184  4.0000000000000006e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 		 439 aa  183  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  29.3 
 
 		 439 aa  183  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.12 
 
 		 671 aa  183  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 521 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 521 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 521 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 521 aa  182  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 509 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  30.4 
 
 		 377 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 507 aa  178  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  30.9 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  29.9 
 
 		 504 aa  176  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  31.02 
 
 		 507 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>