More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0060 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0060  secretion protein HlyD precursor  100 
 
 		 477 aa  955    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3427  cation efflux system protein cusB precursor  76.36 
 
 		 474 aa  713    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2740  secretion protein HlyD  72.58 
 
 		 462 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.135625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3642  putative cation efflux system protein cusB precursor  87.12 
 
 		 475 aa  780    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1604  efflux transporter, RND family, MFP subunit  71.75 
 
 		 464 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.344035  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4358  secretion protein HlyD  66.36 
 
 		 472 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  66.44 
 
 		 478 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1853  secretion protein HlyD  69.41 
 
 		 471 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  66.51 
 
 		 470 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  54.35 
 
 		 473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  57.35 
 
 		 509 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.42 
 
 		 508 aa  463  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  54.63 
 
 		 473 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  53.88 
 
 		 550 aa  457  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.43 
 
 		 486 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  51.56 
 
 		 477 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  51.89 
 
 		 451 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.484161  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  52.49 
 
 		 472 aa  445  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  53.83 
 
 		 498 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.66 
 
 		 494 aa  438  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  46.57 
 
 		 475 aa  402  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  47.29 
 
 		 504 aa  350  4e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  47.28 
 
 		 422 aa  345  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  46.84 
 
 		 540 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  44.71 
 
 		 537 aa  330  3e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  44.01 
 
 		 546 aa  326  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  42.22 
 
 		 538 aa  325  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.96 
 
 		 537 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  41.54 
 
 		 537 aa  314  2.9999999999999996e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.68 
 
 		 512 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  43.83 
 
 		 517 aa  295  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0354  RND family efflux transporter MFP subunit  43.16 
 
 		 518 aa  285  9e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  35.64 
 
 		 467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  38.44 
 
 		 715 aa  240  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  35.7 
 
 		 500 aa  238  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 581 aa  233  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.85 
 
 		 568 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.34 
 
 		 502 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  34.96 
 
 		 683 aa  223  4.9999999999999996e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  38.27 
 
 		 509 aa  220  3e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  36.67 
 
 		 468 aa  217  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.54 
 
 		 497 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  34.71 
 
 		 466 aa  213  7.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  32.79 
 
 		 672 aa  211  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 483 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 504 aa  209  7e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  31.32 
 
 		 629 aa  208  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  35.86 
 
 		 545 aa  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  33 
 
 		 455 aa  207  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.03 
 
 		 497 aa  206  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  36.28 
 
 		 527 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  34.29 
 
 		 377 aa  204  3e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  32.97 
 
 		 491 aa  204  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.46 
 
 		 456 aa  203  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  36.09 
 
 		 472 aa  202  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  35.68 
 
 		 552 aa  201  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  35.04 
 
 		 521 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.68 
 
 		 465 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.57 
 
 		 510 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  35.1 
 
 		 545 aa  196  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  32.23 
 
 		 529 aa  196  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.29 
 
 		 510 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  33.71 
 
 		 417 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 		 451 aa  194  4e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 513 aa  194  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.45 
 
 		 460 aa  192  9e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.43 
 
 		 526 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.01 
 
 		 457 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 455 aa  189  8e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.73 
 
 		 497 aa  189  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  34.33 
 
 		 408 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 525 aa  189  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  34.31 
 
 		 542 aa  188  2e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  30.02 
 
 		 488 aa  187  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  33.61 
 
 		 513 aa  187  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 		 516 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 		 516 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  31.9 
 
 		 490 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.53 
 
 		 507 aa  182  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  31.96 
 
 		 410 aa  182  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 523 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  33.06 
 
 		 491 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 523 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 523 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  33.51 
 
 		 505 aa  180  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 523 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 521 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 521 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.15 
 
 		 505 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 521 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 521 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 500 aa  177  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  34.89 
 
 		 625 aa  177  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2247  RND family efflux transporter MFP subunit  33.86 
 
 		 737 aa  176  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  29.05 
 
 		 577 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 509 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  32.69 
 
 		 497 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  31.32 
 
 		 509 aa  173  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  29.76 
 
 		 460 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  30.75 
 
 		 507 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>