More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3039 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  100 
 
 		 301 aa  586  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  80.27 
 
 		 300 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  65.34 
 
 		 312 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  66.67 
 
 		 296 aa  328  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  61.94 
 
 		 307 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  61.64 
 
 		 306 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.45 
 
 		 298 aa  289  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.12 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.75 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  42.75 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  38.36 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  39.24 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  37.89 
 
 		 306 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  39.02 
 
 		 322 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  40.22 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  37.45 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  39.37 
 
 		 295 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  40.89 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  39.92 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.6 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  38.29 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.46 
 
 		 396 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.46 
 
 		 396 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  37.84 
 
 		 408 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.29 
 
 		 396 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.29 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  41.08 
 
 		 427 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.16 
 
 		 414 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  37.3 
 
 		 378 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  41.08 
 
 		 402 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.08 
 
 		 402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  39.58 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.97 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  38.59 
 
 		 409 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 		 413 aa  123  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  37.97 
 
 		 413 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 389 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35.14 
 
 		 391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 		 397 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  37.04 
 
 		 390 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  37.1 
 
 		 426 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  36.51 
 
 		 386 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 390 aa  91.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 394 aa  89.7  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.79 
 
 		 390 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  30.5 
 
 		 383 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  36.13 
 
 		 347 aa  79  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.69 
 
 		 410 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  32.12 
 
 		 393 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  31.02 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 		 379 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  31.47 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  26.74 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30.22 
 
 		 363 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.65 
 
 		 366 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.63 
 
 		 609 aa  71.2  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  32.22 
 
 		 440 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  31.84 
 
 		 371 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  30.1 
 
 		 385 aa  69.3  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 396 aa  68.9  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  27.32 
 
 		 378 aa  68.9  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 358 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 376 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  29.33 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  31.38 
 
 		 361 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  28.11 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  31.86 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 354 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.67 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 		 354 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  34.19 
 
 		 477 aa  65.9  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 364 aa  65.5  0.0000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.04 
 
 		 366 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  32.02 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 362 aa  65.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  32.9 
 
 		 473 aa  65.5  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  28.37 
 
 		 382 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.29 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 366 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  30.81 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  29.8 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.9 
 
 		 508 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  27.08 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.05 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 		 498 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4658  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 478 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.211901 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.77 
 
 		 509 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>