More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0556 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0556  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 308 aa  616  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.230089 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3611  secretion protein HlyD  66.91 
 
 		 295 aa  371  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.711693  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3030  secretion protein HlyD  65.07 
 
 		 306 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0446257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1007  secretion protein HlyD  62.63 
 
 		 317 aa  359  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.163323  normal  0.0478945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0886  secretion protein HlyD  65.79 
 
 		 306 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.795308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0895  secretion protein HlyD  63.67 
 
 		 322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5160  secretion protein HlyD  59.06 
 
 		 295 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0908  HlyD family secretion protein  46.25 
 
 		 300 aa  195  7e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1337  HlyD family secretion protein  43.77 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0091  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.07 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.87 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0549  hypothetical protein  40.3 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1328  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.23 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0918  RND family efflux transporter MFP subunit  37.07 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523672  normal  0.981132 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3039  secretion protein HlyD  37.64 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1002  secretion protein HlyD  37.32 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.677003  normal  0.658036 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3605  secretion protein HlyD  35.76 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.550781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4685  secretion protein HlyD  39.05 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.543199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.73 
 
 		 298 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0890  secretion protein HlyD  34.89 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.459513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 		 385 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  40.11 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  38.67 
 
 		 427 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  39.23 
 
 		 413 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.23 
 
 		 413 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.59 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 396 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  37.78 
 
 		 409 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  39.23 
 
 		 402 aa  116  5e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.23 
 
 		 402 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.17 
 
 		 396 aa  116  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.67 
 
 		 413 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  33.33 
 
 		 391 aa  97.4  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  34.03 
 
 		 397 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 426 aa  90.1  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  33.7 
 
 		 386 aa  89.7  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  35.08 
 
 		 386 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  35.08 
 
 		 390 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  31.87 
 
 		 395 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  27.79 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.6 
 
 		 396 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.167372 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3044  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.6 
 
 		 396 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.16 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.48 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  28.73 
 
 		 378 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 358 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  31.23 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 		 392 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  33.5 
 
 		 404 aa  79  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  30.81 
 
 		 391 aa  75.9  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  28.72 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  35.23 
 
 		 473 aa  70.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  31.28 
 
 		 363 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  29.63 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  35.8 
 
 		 473 aa  69.7  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  34.15 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  30.57 
 
 		 609 aa  69.3  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 353 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  30.73 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  31.69 
 
 		 537 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 		 380 aa  67  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 537 aa  67  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.35 
 
 		 504 aa  66.2  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 538 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.13 
 
 		 427 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.84 
 
 		 357 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 470 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.13 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  29.05 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 386 aa  63.2  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 421 aa  62.8  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  35.16 
 
 		 399 aa  62.4  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  29.41 
 
 		 371 aa  62.4  0.000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4592  RND family efflux transporter MFP subunit  35.8 
 
 		 477 aa  62.4  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.246658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  32.26 
 
 		 546 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 580 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.63 
 
 		 390 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.38 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  28.12 
 
 		 672 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0816  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  27.27 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 497 aa  60.1  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  31.11 
 
 		 527 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.51 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  28.21 
 
 		 439 aa  60.1  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  30.05 
 
 		 537 aa  60.1  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>