More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2593 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  100 
 
 
386 aa  768    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  91.45 
 
 
386 aa  692    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  62.4 
 
 
387 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  62.27 
 
 
380 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  61.85 
 
 
385 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  63.46 
 
 
387 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  63.81 
 
 
378 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  60.91 
 
 
409 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.2 
 
 
367 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00231  membrane fusion protein  51.69 
 
 
356 aa  323  3e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0288  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 
381 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  47.47 
 
 
428 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  48.66 
 
 
433 aa  308  8e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.71 
 
 
424 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  47.78 
 
 
415 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  47.18 
 
 
391 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  49.12 
 
 
434 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  49.54 
 
 
430 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  43.88 
 
 
385 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  44.15 
 
 
385 aa  300  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.88 
 
 
385 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  43.88 
 
 
385 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  43.88 
 
 
385 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  43.88 
 
 
385 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.48 
 
 
423 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.57 
 
 
422 aa  296  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  48.1 
 
 
430 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  43.62 
 
 
385 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  45.63 
 
 
385 aa  296  4e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 
395 aa  296  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  43.62 
 
 
385 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  43.62 
 
 
385 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  47.92 
 
 
391 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  46.56 
 
 
398 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  44.17 
 
 
406 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.21 
 
 
469 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.5 
 
 
436 aa  293  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  44 
 
 
409 aa  293  4e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.94 
 
 
395 aa  292  5e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  44 
 
 
409 aa  292  5e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  43.73 
 
 
409 aa  292  9e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  44.75 
 
 
397 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.75 
 
 
397 aa  291  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  44.75 
 
 
397 aa  291  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  44.75 
 
 
397 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  44.75 
 
 
397 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  44.75 
 
 
397 aa  291  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  42.18 
 
 
386 aa  290  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  48.46 
 
 
415 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.18 
 
 
398 aa  289  6e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.45 
 
 
410 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.63 
 
 
433 aa  286  4e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  44.66 
 
 
397 aa  286  4e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  45.13 
 
 
425 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.17 
 
 
399 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.81 
 
 
391 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.45 
 
 
411 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  43.09 
 
 
392 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  45.9 
 
 
412 aa  282  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  45.48 
 
 
399 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  44.96 
 
 
400 aa  282  7.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  46.54 
 
 
391 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  43.24 
 
 
385 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  43.24 
 
 
385 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  46.8 
 
 
408 aa  281  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  43.24 
 
 
385 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  43.77 
 
 
377 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  43.05 
 
 
386 aa  279  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.39 
 
 
446 aa  279  8e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  46.11 
 
 
398 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  44.17 
 
 
382 aa  278  9e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  44.41 
 
 
441 aa  278  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  43.9 
 
 
382 aa  278  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.41 
 
 
441 aa  278  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.99 
 
 
384 aa  278  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  41.73 
 
 
395 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  41.73 
 
 
395 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  45.36 
 
 
381 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  44.57 
 
 
424 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  44.57 
 
 
424 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  44.57 
 
 
424 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  43.48 
 
 
385 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 
382 aa  277  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  42.56 
 
 
418 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 
382 aa  276  5e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  41.58 
 
 
388 aa  276  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  42.56 
 
 
418 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  42.71 
 
 
379 aa  276  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.44 
 
 
394 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  43.53 
 
 
405 aa  274  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.34 
 
 
384 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  45.83 
 
 
432 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  41.33 
 
 
383 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.47 
 
 
397 aa  273  3e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 
381 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  44.94 
 
 
420 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.66 
 
 
381 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  47.48 
 
 
404 aa  273  4.0000000000000004e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  44.41 
 
 
412 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0910  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.12 
 
 
393 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>