More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2167 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 396 aa  793    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  82.37 
 
 		 397 aa  674    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  73.8 
 
 		 397 aa  610  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  67.85 
 
 		 395 aa  565  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  67.41 
 
 		 402 aa  556  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  67.17 
 
 		 395 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  57.07 
 
 		 410 aa  457  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  42.89 
 
 		 407 aa  295  9e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  40.49 
 
 		 398 aa  288  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  42.46 
 
 		 399 aa  285  9e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  42.6 
 
 		 419 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  42.86 
 
 		 408 aa  272  6e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  39.19 
 
 		 410 aa  265  8.999999999999999e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  41.62 
 
 		 405 aa  252  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  40.92 
 
 		 404 aa  251  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  41.9 
 
 		 405 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  41.9 
 
 		 405 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  45.25 
 
 		 405 aa  251  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  40.3 
 
 		 403 aa  249  9e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 403 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.89 
 
 		 403 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 403 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  41.76 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 		 387 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  35.97 
 
 		 379 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  32.63 
 
 		 410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  35.06 
 
 		 385 aa  209  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  32.11 
 
 		 385 aa  206  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  36 
 
 		 422 aa  194  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 426 aa  188  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  33.24 
 
 		 423 aa  187  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  37.05 
 
 		 289 aa  184  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30.83 
 
 		 393 aa  184  3e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 410 aa  156  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 406 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 454 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 412 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  31.73 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  27.51 
 
 		 395 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 		 398 aa  109  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 448 aa  106  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 443 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.5 
 
 		 372 aa  102  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 392 aa  93.6  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 370 aa  92.8  8e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  31.09 
 
 		 359 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  22.75 
 
 		 440 aa  88.6  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 439 aa  84  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 		 443 aa  81.3  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  22.16 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  24.4 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  22.66 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  26.59 
 
 		 372 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  30.17 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  23.14 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  26.33 
 
 		 409 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  24.47 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  27.32 
 
 		 386 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  28.39 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  23.94 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  25.86 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 410 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 400 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  25.86 
 
 		 444 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  28.51 
 
 		 465 aa  73.9  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 381 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  25.57 
 
 		 444 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  23.04 
 
 		 451 aa  73.2  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  27.68 
 
 		 386 aa  72.8  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 383 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1988  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  25.66 
 
 		 381 aa  72.8  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  21.23 
 
 		 449 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  27.34 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 368 aa  72  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  26.75 
 
 		 366 aa  72  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  26.12 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  24.7 
 
 		 413 aa  72  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  25.85 
 
 		 381 aa  70.9  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.99 
 
 		 421 aa  70.9  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  27.09 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 381 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  24.07 
 
 		 442 aa  70.1  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  20.75 
 
 		 455 aa  69.7  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.7 
 
 		 384 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 381 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 1462 aa  68.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 		 391 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  23.02 
 
 		 487 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>