More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3065 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  100 
 
 		 487 aa  939    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  48.97 
 
 		 485 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  52.26 
 
 		 487 aa  398  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.39 
 
 		 439 aa  106  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.756916 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  28.16 
 
 		 413 aa  103  9e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  26.76 
 
 		 418 aa  95.9  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  29.26 
 
 		 415 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 413 aa  93.6  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 418 aa  90.1  8e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 395 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 432 aa  83.6  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 		 387 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 410 aa  82  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  21.26 
 
 		 388 aa  80.1  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  22.37 
 
 		 395 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  23.65 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  26.03 
 
 		 379 aa  75.9  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  22.7 
 
 		 397 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  24.16 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  23.54 
 
 		 396 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  24.62 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  26.08 
 
 		 440 aa  73.9  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  25.87 
 
 		 408 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  22.22 
 
 		 402 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  23 
 
 		 449 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  28.12 
 
 		 410 aa  71.6  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0689  secretion protein HlyD  24.77 
 
 		 411 aa  72  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  21.16 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  29.35 
 
 		 367 aa  70.9  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  23.87 
 
 		 399 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  28.79 
 
 		 398 aa  69.7  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  21.82 
 
 		 443 aa  69.7  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.52 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  23.77 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  21.25 
 
 		 439 aa  68.2  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  27.45 
 
 		 372 aa  67  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  27.75 
 
 		 386 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  21.5 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  27.53 
 
 		 444 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  27.49 
 
 		 396 aa  65.1  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  26.43 
 
 		 455 aa  65.5  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  26.88 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  21.82 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 455 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  24.73 
 
 		 394 aa  63.5  0.000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  21.81 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 		 448 aa  63.9  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 396 aa  63.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  24.29 
 
 		 403 aa  63.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 340 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 428 aa  63.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.69 
 
 		 451 aa  62.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 439 aa  62  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.79 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 385 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  25.68 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 396 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.34 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 435 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  29 
 
 		 350 aa  62  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 358 aa  61.6  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.72 
 
 		 426 aa  62  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  26.47 
 
 		 414 aa  61.2  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 446 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  24.2 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  25.41 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 		 435 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 441 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 430 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 		 403 aa  60.5  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.45 
 
 		 441 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  27.13 
 
 		 385 aa  59.7  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  25.32 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1575  RND membrane fusion protein AcrA  22.56 
 
 		 448 aa  59.3  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.853878 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  27.01 
 
 		 396 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 419 aa  59.3  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  30.4 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  25.3 
 
 		 385 aa  59.7  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 421 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  19.95 
 
 		 443 aa  59.3  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.36 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 392 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 436 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>