More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0889 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  85.68 
 
 		 404 aa  679    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 405 aa  808    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  75.37 
 
 		 407 aa  625  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  76.49 
 
 		 419 aa  608  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  75.99 
 
 		 405 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  76.24 
 
 		 405 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  75.74 
 
 		 405 aa  580  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  75.68 
 
 		 403 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  69.8 
 
 		 408 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  74.69 
 
 		 403 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  74.69 
 
 		 403 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  74.69 
 
 		 403 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  71.28 
 
 		 399 aa  557  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  74.44 
 
 		 403 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  75.66 
 
 		 375 aa  544  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  44.48 
 
 		 397 aa  292  8e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  43.23 
 
 		 402 aa  291  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  41.92 
 
 		 395 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  43.91 
 
 		 397 aa  285  8e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.81 
 
 		 395 aa  279  6e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 		 396 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  42.58 
 
 		 410 aa  276  5e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  41.69 
 
 		 410 aa  273  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  38.07 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  33.51 
 
 		 410 aa  212  9e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  32.11 
 
 		 393 aa  211  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  34.78 
 
 		 385 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  33.5 
 
 		 385 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  39.93 
 
 		 289 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  35.5 
 
 		 422 aa  189  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  33.08 
 
 		 423 aa  182  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 426 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  32.1 
 
 		 387 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  33.54 
 
 		 379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 410 aa  150  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 		 454 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 		 393 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  30.17 
 
 		 413 aa  130  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 388 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  27.63 
 
 		 395 aa  126  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 		 448 aa  123  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  29.28 
 
 		 392 aa  104  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 		 398 aa  103  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  33.33 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.24 
 
 		 372 aa  96.7  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 443 aa  94.4  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  25.18 
 
 		 451 aa  87.4  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  25.67 
 
 		 390 aa  85.1  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.65 
 
 		 426 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  26.14 
 
 		 462 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 440 aa  82.8  0.000000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.36 
 
 		 426 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.1 
 
 		 455 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  24.69 
 
 		 422 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.97 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  23.33 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  23.23 
 
 		 442 aa  79  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  22.25 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0708  secretion protein HlyD  25.69 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.769717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.32 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 		 430 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  21.96 
 
 		 449 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 451 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  25.3 
 
 		 473 aa  76.3  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  26.27 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  26.36 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 462 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 464 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 370 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  26.4 
 
 		 435 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 436 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  27.63 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  26.39 
 
 		 454 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 381 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.17 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 389 aa  72.8  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 457 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  25.54 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 450 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  26.53 
 
 		 413 aa  72.4  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  24.8 
 
 		 451 aa  72.4  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  27.46 
 
 		 457 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  24.1 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  22.39 
 
 		 435 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  26.77 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 411 aa  71.6  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.67 
 
 		 435 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  28.84 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.91 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>