More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0404 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 387 aa  789    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  51.44 
 
 		 385 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  51.97 
 
 		 385 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  51.9 
 
 		 379 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  38.54 
 
 		 395 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  36.19 
 
 		 397 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 		 396 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  33.96 
 
 		 397 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 395 aa  222  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 410 aa  218  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  35.97 
 
 		 398 aa  218  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  32.8 
 
 		 402 aa  206  4e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 		 407 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  33.59 
 
 		 399 aa  196  9e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  34.66 
 
 		 410 aa  192  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  32.8 
 
 		 408 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30.91 
 
 		 393 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  33.6 
 
 		 404 aa  172  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  30.59 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  32.74 
 
 		 419 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 		 403 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 405 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 405 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  34.4 
 
 		 403 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  32.08 
 
 		 405 aa  158  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  34.04 
 
 		 405 aa  157  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 403 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  34.11 
 
 		 403 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.11 
 
 		 403 aa  155  9e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  32.35 
 
 		 375 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  34.31 
 
 		 289 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 412 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 406 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  29.85 
 
 		 423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  30.08 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  29.17 
 
 		 443 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 393 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 448 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 422 aa  120  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 454 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 398 aa  107  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  22.53 
 
 		 372 aa  102  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 440 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 		 392 aa  90.5  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  24.73 
 
 		 372 aa  82.8  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  27.05 
 
 		 359 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  22.92 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.69 
 
 		 419 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.66 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.11 
 
 		 367 aa  76.3  0.0000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  24.85 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 403 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  25.46 
 
 		 487 aa  73.6  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.45 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  23.5 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.66 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.27 
 
 		 396 aa  72.8  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 388 aa  72  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 396 aa  70.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.46 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.22 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 455 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.49 
 
 		 438 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  24.07 
 
 		 379 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 424 aa  66.6  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  26.41 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  23.92 
 
 		 413 aa  66.6  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  27.48 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4616  secretion protein HlyD  25 
 
 		 414 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 440 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 		 398 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0283024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  21.72 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  22.93 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  21.82 
 
 		 410 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  21.62 
 
 		 485 aa  65.1  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  22.65 
 
 		 394 aa  64.7  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3750  secretion protein HlyD  25.82 
 
 		 401 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6991  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 472 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.231557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4618  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 401 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343268  normal  0.223248 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 478 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  25.95 
 
 		 478 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  21.56 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  29.12 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.56 
 
 		 436 aa  63.9  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  31.08 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  23.77 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3513  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  23.8 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>