More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0789 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  89.36 
 
 		 403 aa  669    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  93.14 
 
 		 375 aa  673    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  89.6 
 
 		 403 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 405 aa  823    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  89.36 
 
 		 403 aa  666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  99.75 
 
 		 405 aa  823    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  89.6 
 
 		 403 aa  687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  89.36 
 
 		 403 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  97.78 
 
 		 405 aa  761    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  75.06 
 
 		 407 aa  615  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  74.19 
 
 		 419 aa  597  1e-169  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  71.36 
 
 		 408 aa  588  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  73.4 
 
 		 399 aa  586  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  73.95 
 
 		 404 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  75.99 
 
 		 405 aa  579  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  43.32 
 
 		 410 aa  295  7e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  41.78 
 
 		 402 aa  292  6e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 397 aa  292  9e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  40.1 
 
 		 397 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 		 395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 395 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  41.9 
 
 		 396 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 		 410 aa  270  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  38.13 
 
 		 398 aa  262  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  35.95 
 
 		 385 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  32.81 
 
 		 410 aa  210  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  37.34 
 
 		 385 aa  206  6e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30.51 
 
 		 393 aa  204  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  40.21 
 
 		 289 aa  202  9e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  31.89 
 
 		 387 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 422 aa  187  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  32.16 
 
 		 379 aa  172  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  29.98 
 
 		 426 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  31.97 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.23 
 
 		 393 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 454 aa  147  4.0000000000000006e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.46 
 
 		 410 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 388 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 413 aa  142  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  30.28 
 
 		 395 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.04 
 
 		 406 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 412 aa  126  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 448 aa  113  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  22.91 
 
 		 443 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.6 
 
 		 372 aa  97.1  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 398 aa  94  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  22.74 
 
 		 402 aa  90.5  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.06 
 
 		 422 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 440 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.75 
 
 		 426 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  28.88 
 
 		 359 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.99 
 
 		 426 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.08 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 451 aa  87.4  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  27.22 
 
 		 400 aa  87  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  25.42 
 
 		 439 aa  86.7  7e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 370 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 443 aa  85.5  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  26.29 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  22.53 
 
 		 449 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  33.17 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  33.17 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  23.73 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  33.17 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  24.57 
 
 		 460 aa  83.2  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 435 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 		 435 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 370 aa  82.4  0.00000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.55 
 
 		 435 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  26.18 
 
 		 462 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  27.66 
 
 		 372 aa  80.9  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  22.78 
 
 		 442 aa  80.9  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  26.43 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  25.37 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  26.76 
 
 		 450 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 355 aa  79  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 454 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 457 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.88 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  26.33 
 
 		 456 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 430 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 451 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  25.25 
 
 		 473 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.34 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  31.51 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  33.17 
 
 		 476 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  25.69 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 412 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 462 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  26.97 
 
 		 414 aa  76.3  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  22.89 
 
 		 435 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 412 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.16 
 
 		 412 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 390 aa  75.5  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 469 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>