More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3678 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 406 aa  815    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  49.26 
 
 		 412 aa  370  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 413 aa  300  4e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  41.52 
 
 		 388 aa  273  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 395 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  36.96 
 
 		 398 aa  142  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  31.37 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 397 aa  141  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  28.92 
 
 		 387 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  29.34 
 
 		 410 aa  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 399 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  33.11 
 
 		 393 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  36.65 
 
 		 422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  33.69 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  29.57 
 
 		 426 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  30.21 
 
 		 423 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  29.51 
 
 		 402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  33.09 
 
 		 289 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  31.02 
 
 		 410 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 		 410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  31.03 
 
 		 408 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  28.48 
 
 		 385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  32.15 
 
 		 419 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  27.11 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  28.09 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 		 393 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 403 aa  113  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 405 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 		 398 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  31.58 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 403 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  31.25 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 405 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 		 404 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  28.46 
 
 		 395 aa  89.4  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  26.2 
 
 		 443 aa  89  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 454 aa  88.6  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 448 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  25.22 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  25.29 
 
 		 439 aa  84.7  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  27.49 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  26.84 
 
 		 402 aa  82.8  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.72 
 
 		 380 aa  77.8  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 356 aa  77  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.67 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  27.51 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  25.16 
 
 		 485 aa  73.9  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.85 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.17 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 380 aa  72.8  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  24.75 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2029  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 378 aa  72  0.00000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.109803  hitchhiker  0.00040221 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 443 aa  70.9  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  28.24 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  25.68 
 
 		 372 aa  70.1  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  25.58 
 
 		 464 aa  69.7  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  24.25 
 
 		 487 aa  69.7  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 394 aa  69.7  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.56 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.69 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 366 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  29.02 
 
 		 386 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 396 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  25.19 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  25.39 
 
 		 462 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  28.48 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  27.18 
 
 		 451 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 434 aa  67.8  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 		 360 aa  67  0.0000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 460 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 396 aa  66.2  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.36 
 
 		 405 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  27.27 
 
 		 473 aa  66.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24.68 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4621  RND family efflux transporter MFP subunit  28.08 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 340 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  28 
 
 		 476 aa  64.7  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 398 aa  64.7  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0997151  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  23.13 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.11 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.22 
 
 		 416 aa  64.3  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  24.03 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>