More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1849 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  100 
 
 		 372 aa  746    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  28.12 
 
 		 395 aa  133  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 393 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.63 
 
 		 410 aa  119  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 448 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  24.94 
 
 		 410 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  25.54 
 
 		 395 aa  109  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 		 407 aa  105  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 454 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  23.06 
 
 		 397 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 443 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  24.5 
 
 		 396 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  22.53 
 
 		 387 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  23.01 
 
 		 426 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  25.87 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 395 aa  101  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  26.27 
 
 		 402 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  24.46 
 
 		 397 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 399 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  27.97 
 
 		 410 aa  97.1  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 412 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 422 aa  93.6  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 413 aa  94  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  24.87 
 
 		 419 aa  93.2  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  24.09 
 
 		 408 aa  92.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  21.57 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  20.98 
 
 		 379 aa  85.5  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  20.28 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  25.22 
 
 		 406 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 404 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  21.98 
 
 		 410 aa  82.8  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 405 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 405 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 403 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  23.58 
 
 		 423 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  24.25 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.25 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 		 403 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  23.12 
 
 		 375 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  20.88 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  19.28 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  21.7 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  22.67 
 
 		 366 aa  69.7  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  21.43 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.09 
 
 		 373 aa  67.4  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 381 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  20 
 
 		 391 aa  67  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.03 
 
 		 352 aa  67  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  23.62 
 
 		 381 aa  66.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  21.1 
 
 		 368 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  19.51 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.73 
 
 		 415 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  20.27 
 
 		 376 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  28.2 
 
 		 374 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 449 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.3 
 
 		 455 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  24.1 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  25.23 
 
 		 460 aa  63.2  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  27.52 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  23.16 
 
 		 439 aa  63.2  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  22.42 
 
 		 388 aa  62.8  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  22.85 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0565  CmeA  23.08 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000015665  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  23.66 
 
 		 451 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.47 
 
 		 355 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  21.16 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  36.26 
 
 		 487 aa  62  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  21.86 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  21.14 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.65 
 
 		 384 aa  62  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  20 
 
 		 375 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1083  RND family efflux transporter MFP subunit  22.96 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0380532  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.44 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  29.6 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  20.11 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  20.94 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 398 aa  60.5  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.11 
 
 		 410 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 386 aa  60.1  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  22.33 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  21.97 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  23.74 
 
 		 464 aa  59.7  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3301  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 366 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.168698  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  21.61 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  21.92 
 
 		 455 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  21.92 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 382 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  17.44 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  21.93 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.92 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  21.92 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  21.92 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  24.3 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  22.61 
 
 		 380 aa  58.5  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>