227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3566 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 435 aa  872    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  71 
 
 		 449 aa  633  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2205  membrane-fusion protein  62.23 
 
 		 455 aa  496  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  54.48 
 
 		 443 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  44.94 
 
 		 439 aa  393  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  44.81 
 
 		 442 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  40.68 
 
 		 451 aa  320  3e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  33.25 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  34.25 
 
 		 439 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 440 aa  209  9e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  24.94 
 
 		 393 aa  93.6  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.29 
 
 		 410 aa  92.8  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  22.51 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  22.43 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  21.3 
 
 		 407 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  22.07 
 
 		 396 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  23 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  23.09 
 
 		 410 aa  70.5  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 422 aa  70.1  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  24.08 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  22.87 
 
 		 399 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.87 
 
 		 396 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  24.76 
 
 		 395 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  23.47 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  24.27 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.15 
 
 		 396 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  24.43 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  24.17 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  22.4 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  24.89 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  21.32 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.51 
 
 		 478 aa  63.5  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  21.5 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  24.6 
 
 		 396 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  23.64 
 
 		 398 aa  62  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.46 
 
 		 388 aa  62  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  26.7 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 413 aa  61.2  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 418 aa  61.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.64 
 
 		 462 aa  60.5  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4636  secretion protein HlyD  25.37 
 
 		 403 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  22.77 
 
 		 387 aa  59.7  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  24.26 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  22.81 
 
 		 396 aa  58.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 448 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  22.36 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.26 
 
 		 432 aa  57.4  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  24.89 
 
 		 388 aa  57.4  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  22.55 
 
 		 435 aa  55.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 414 aa  55.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  21.84 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  29.48 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  28.48 
 
 		 385 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  21.37 
 
 		 405 aa  55.1  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 412 aa  54.7  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  21.81 
 
 		 487 aa  54.3  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  20.79 
 
 		 415 aa  53.9  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  20.79 
 
 		 415 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  21.41 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.36 
 
 		 399 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  29.79 
 
 		 354 aa  53.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0516  secretion protein HlyD family protein  28.42 
 
 		 389 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0487  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 387 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.132982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  23.14 
 
 		 356 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.53 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  20.53 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  20.53 
 
 		 455 aa  52.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  20.53 
 
 		 415 aa  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  29.39 
 
 		 352 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.27 
 
 		 379 aa  51.6  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  26.46 
 
 		 321 aa  52.4  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4112  multidrug resistance protein MdtN  27.27 
 
 		 349 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.718729  normal  0.0575764 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  24.06 
 
 		 372 aa  52.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  22.05 
 
 		 403 aa  52.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  22.27 
 
 		 404 aa  51.6  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  28.65 
 
 		 334 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 440 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  20.53 
 
 		 415 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.73 
 
 		 454 aa  50.8  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  20.53 
 
 		 415 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  23.12 
 
 		 368 aa  51.2  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.54 
 
 		 403 aa  51.2  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  21.54 
 
 		 403 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4577  multidrug resistance protein MdtN  27.27 
 
 		 349 aa  50.8  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.603811  hitchhiker  0.0000103156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  22.57 
 
 		 356 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4352  multidrug resistance protein MdtN  28.8 
 
 		 349 aa  50.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  22.31 
 
 		 396 aa  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.1 
 
 		 420 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  20.16 
 
 		 427 aa  50.4  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  21.41 
 
 		 392 aa  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  20.16 
 
 		 444 aa  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  28.65 
 
 		 334 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  25.63 
 
 		 384 aa  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  23.1 
 
 		 389 aa  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  21.39 
 
 		 372 aa  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>