More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0516 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0516  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 389 aa  780    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0487  secretion protein HlyD  76.76 
 
 		 387 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.132982 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  66.75 
 
 		 388 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  70.23 
 
 		 385 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_004310  BR1060  HlyD family secretion protein  40.65 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.409643  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  38.05 
 
 		 351 aa  236  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  38.05 
 
 		 351 aa  236  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  37.61 
 
 		 351 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  36.34 
 
 		 413 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  36.34 
 
 		 407 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2222  secretion protein HlyD family protein  37.64 
 
 		 364 aa  228  1e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.827157  normal  0.0630551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  37.89 
 
 		 354 aa  215  8e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2688  secretion protein HlyD family protein  38.71 
 
 		 361 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1920  secretion protein HlyD  36.76 
 
 		 383 aa  199  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00498247  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  35.5 
 
 		 368 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2082  secretion protein HlyD  36.47 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.565949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2027  secretion protein HlyD  37.05 
 
 		 413 aa  189  8e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294658  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  34.65 
 
 		 356 aa  186  6e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  35.53 
 
 		 380 aa  186  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  35.04 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2024  secretion protein HlyD  35.22 
 
 		 429 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0436308  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  34.56 
 
 		 372 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2980  secretion protein HlyD family protein  37.32 
 
 		 383 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  37.21 
 
 		 375 aa  179  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2237  membrane fusion protein (MFP) family protein  35.58 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  33.9 
 
 		 375 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0912  secretion protein HlyD family protein  36.21 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.659301  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  35.71 
 
 		 355 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2020  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 		 366 aa  176  8e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3201  multidrug resistance protein A  33.92 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3460  multidrug resistance protein A  33.92 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3338  efflux pump membrane protein  33.92 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.615616  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2257  secretion protein HlyD family protein  35.24 
 
 		 368 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.250908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0257  secretion protein HlyD family protein  35.84 
 
 		 402 aa  173  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5245  secretion protein HlyD family protein  35.31 
 
 		 333 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0262  secretion protein HlyD family protein  35.84 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6591  secretion protein HlyD family protein  35.83 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  32.75 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  35.85 
 
 		 402 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  31.66 
 
 		 380 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  36.25 
 
 		 414 aa  171  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0954  secretion protein HlyD family protein  33.93 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.702567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  36.01 
 
 		 380 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2021  secretion protein HlyD family protein  34.13 
 
 		 413 aa  170  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0240231 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  35.47 
 
 		 470 aa  169  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  35.47 
 
 		 475 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  35.47 
 
 		 475 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5521  secretion protein HlyD family protein  34.42 
 
 		 468 aa  167  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0734962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  32.96 
 
 		 390 aa  167  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0890  efflux pump membrane protein  33.23 
 
 		 391 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0249504  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3163  efflux pump membrane protein  33.23 
 
 		 390 aa  166  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  35.81 
 
 		 410 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1624  HlyD family secretion protein  37.71 
 
 		 377 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0558  secretion protein HlyD family protein  31.36 
 
 		 375 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4053  secretion protein HlyD family protein  33.74 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.861449 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0858  efflux pump membrane protein  33.33 
 
 		 391 aa  166  8e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1445  secretion protein HlyD family protein  33.97 
 
 		 444 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 405 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  33.04 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  37.3 
 
 		 344 aa  166  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1919  multidrug resistance protein  35.81 
 
 		 411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.666477  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3235  secretion protein HlyD  33.88 
 
 		 465 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6274  secretion protein HlyD family protein  34.63 
 
 		 460 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0399198 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6560  secretion protein HlyD family protein  34.63 
 
 		 460 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1767  multidrug resistance protein  35.81 
 
 		 411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1744  multidrug resistance protein  35.81 
 
 		 411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  34.21 
 
 		 351 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4503  secretion protein HlyD family protein  33.83 
 
 		 396 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  34.19 
 
 		 394 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  35.48 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1503  putative multidrug resistance protein  35.48 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1057  multidrug resistance protein, putative  35.48 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0394345  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  33.43 
 
 		 401 aa  163  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0995  putative multidrug resistance protein  35.48 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  34.19 
 
 		 400 aa  163  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0999  efflux pump membrane protein  32.61 
 
 		 390 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.486081  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 		 387 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3743  efflux pump membrane protein  31.25 
 
 		 390 aa  162  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.881561  normal  0.148039 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3330  efflux pump membrane protein  30.72 
 
 		 391 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02540  multidrug efflux system  32.61 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2821  multidrug resistance protein A  32.61 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2968  multidrug resistance protein A  32.61 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1022  efflux pump membrane protein  32.61 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.727271  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2807  multidrug resistance protein A  32.61 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414824  hitchhiker  0.00826621 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02505  hypothetical protein  32.61 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  33.99 
 
 		 351 aa  162  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 		 387 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1815  secretion protein HlyD family protein  35.98 
 
 		 390 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2468  secretion protein HlyD family protein  34.73 
 
 		 393 aa  162  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3191  multidrug resistance protein A  32.3 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168067  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  34.71 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3583  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  34.52 
 
 		 420 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0766049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  34.71 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  35.09 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  34.71 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  34.71 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1751  efflux pump membrane protein  34.38 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0610226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>