More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4427 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 394 aa  778    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  57.18 
 
 		 406 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  56.1 
 
 		 392 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.23 
 
 		 390 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  52.92 
 
 		 367 aa  345  6e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  57.18 
 
 		 397 aa  343  2.9999999999999997e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.17 
 
 		 446 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.41 
 
 		 385 aa  325  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  52.45 
 
 		 384 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.81 
 
 		 441 aa  323  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  48.81 
 
 		 441 aa  323  4e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  49.46 
 
 		 377 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  47.07 
 
 		 386 aa  318  9e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  49.06 
 
 		 378 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  49.47 
 
 		 393 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.9 
 
 		 384 aa  311  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  49.56 
 
 		 447 aa  305  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.64 
 
 		 384 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  48.77 
 
 		 402 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.35 
 
 		 395 aa  299  7e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  46.7 
 
 		 399 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  47.37 
 
 		 386 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.16 
 
 		 422 aa  293  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.42 
 
 		 433 aa  293  5e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.98 
 
 		 398 aa  292  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  45.38 
 
 		 392 aa  292  7e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  45.45 
 
 		 430 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  43.82 
 
 		 390 aa  290  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  43.94 
 
 		 405 aa  289  8e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  42.34 
 
 		 386 aa  288  9e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  42.94 
 
 		 395 aa  287  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  45.38 
 
 		 387 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 384 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  47.04 
 
 		 398 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.64 
 
 		 424 aa  286  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.99 
 
 		 384 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  44.72 
 
 		 384 aa  285  7e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  45.41 
 
 		 415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  44.44 
 
 		 384 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.62 
 
 		 399 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  44.96 
 
 		 378 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  44.81 
 
 		 385 aa  282  9e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  46.74 
 
 		 430 aa  282  9e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  46.52 
 
 		 401 aa  281  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  43.78 
 
 		 385 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  44.1 
 
 		 394 aa  280  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  43.44 
 
 		 428 aa  280  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  43.65 
 
 		 394 aa  280  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  44.68 
 
 		 398 aa  280  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.5 
 
 		 396 aa  280  4e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  41.53 
 
 		 395 aa  280  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  41.53 
 
 		 395 aa  280  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  41.53 
 
 		 388 aa  279  6e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.15 
 
 		 411 aa  279  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  45.38 
 
 		 387 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  43.56 
 
 		 400 aa  278  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  47.51 
 
 		 391 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  45.98 
 
 		 400 aa  277  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.59 
 
 		 391 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  40.96 
 
 		 385 aa  276  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  41.24 
 
 		 385 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.78 
 
 		 398 aa  276  4e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 382 aa  276  4e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  41.35 
 
 		 428 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  42.2 
 
 		 381 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.2 
 
 		 381 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  40.96 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.96 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  43.68 
 
 		 381 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  42.98 
 
 		 409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  40.96 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  40.96 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  40.96 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  42.7 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.7 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  42.7 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  42.7 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  42.7 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  42.7 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  44.6 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  48.02 
 
 		 391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  42.7 
 
 		 409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  42.7 
 
 		 409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  40.62 
 
 		 386 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  42.34 
 
 		 386 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  41.94 
 
 		 381 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  43.77 
 
 		 426 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  47.19 
 
 		 391 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  42.42 
 
 		 397 aa  273  4.0000000000000004e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  43.63 
 
 		 386 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  42.09 
 
 		 382 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  40.68 
 
 		 385 aa  272  6e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  40.68 
 
 		 385 aa  272  6e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  42.25 
 
 		 418 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  39.74 
 
 		 383 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  42.25 
 
 		 418 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  42.32 
 
 		 382 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  42.48 
 
 		 401 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  39.74 
 
 		 442 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  42.27 
 
 		 382 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>