More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2893 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  100 
 
 		 385 aa  765    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  71.93 
 
 		 391 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  71.66 
 
 		 391 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  69.25 
 
 		 391 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  70.57 
 
 		 391 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  51.77 
 
 		 398 aa  332  9e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  50.7 
 
 		 415 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  45.88 
 
 		 428 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  46.97 
 
 		 406 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  48.74 
 
 		 377 aa  325  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  45.11 
 
 		 392 aa  323  3e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  43.95 
 
 		 405 aa  321  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  46.58 
 
 		 381 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.38 
 
 		 424 aa  318  7.999999999999999e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  49.08 
 
 		 399 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  48.53 
 
 		 430 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  48.89 
 
 		 387 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  49.34 
 
 		 398 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  50.16 
 
 		 430 aa  316  4e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.82 
 
 		 423 aa  315  6e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.82 
 
 		 469 aa  315  9e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  48.4 
 
 		 393 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  50.29 
 
 		 384 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.03 
 
 		 433 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.28 
 
 		 385 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  46.69 
 
 		 385 aa  311  9e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.18 
 
 		 422 aa  311  2e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  51.15 
 
 		 415 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  48.51 
 
 		 402 aa  309  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  46.2 
 
 		 400 aa  309  5e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  45.56 
 
 		 434 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  49.4 
 
 		 378 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  51.06 
 
 		 397 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  46.42 
 
 		 385 aa  306  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  49.55 
 
 		 367 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.94 
 
 		 410 aa  305  6e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.15 
 
 		 385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  46.15 
 
 		 385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  46.43 
 
 		 423 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  46.15 
 
 		 385 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.65 
 
 		 446 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  47.08 
 
 		 412 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.53 
 
 		 441 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  45.89 
 
 		 385 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  43.91 
 
 		 394 aa  302  5.000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  45.89 
 
 		 385 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  44.53 
 
 		 441 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.11 
 
 		 411 aa  302  6.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  48.56 
 
 		 387 aa  301  9e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  46.37 
 
 		 447 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  44.85 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.06 
 
 		 415 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  42.67 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  45.76 
 
 		 386 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.54 
 
 		 395 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  47.74 
 
 		 380 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  42.41 
 
 		 418 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  42.41 
 
 		 418 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  45.26 
 
 		 383 aa  299  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3269  periplasmic multidrug efflux lipoprotein precursor  47.65 
 
 		 396 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  47.92 
 
 		 408 aa  298  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  43.95 
 
 		 395 aa  298  1e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  45.72 
 
 		 386 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  46.56 
 
 		 433 aa  298  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  44.99 
 
 		 442 aa  297  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.43 
 
 		 399 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  44.78 
 
 		 395 aa  295  9e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  47.01 
 
 		 378 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  46.77 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  46.51 
 
 		 409 aa  293  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  46.51 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.51 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  47.06 
 
 		 386 aa  293  4e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  44.99 
 
 		 400 aa  293  4e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  46.51 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  46.51 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  46.51 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  46.51 
 
 		 397 aa  293  4e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  46.51 
 
 		 409 aa  293  5e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.11 
 
 		 399 aa  293  5e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  45.26 
 
 		 394 aa  292  6e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.66 
 
 		 392 aa  292  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.88 
 
 		 384 aa  291  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  44.13 
 
 		 385 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  44.13 
 
 		 385 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  44.13 
 
 		 385 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  43.73 
 
 		 397 aa  290  4e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  43.47 
 
 		 405 aa  289  6e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  43.17 
 
 		 379 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38395  periplasmic multidrug efflux lipoprotein precursor  45.41 
 
 		 396 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0159861 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  45.68 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  47.35 
 
 		 386 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  45.68 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  45.68 
 
 		 424 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  47.89 
 
 		 409 aa  287  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  43.86 
 
 		 385 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.74 
 
 		 436 aa  286  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>