More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3781 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  86.47 
 
 		 399 aa  656    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  100 
 
 		 398 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  77.44 
 
 		 399 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  62.96 
 
 		 377 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  64.16 
 
 		 402 aa  462  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  63.9 
 
 		 401 aa  432  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  53.41 
 
 		 378 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  55.16 
 
 		 384 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  53.85 
 
 		 393 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.93 
 
 		 385 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.79 
 
 		 446 aa  351  1e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.51 
 
 		 441 aa  351  1e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  50.51 
 
 		 441 aa  351  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  50.81 
 
 		 406 aa  347  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  52.39 
 
 		 447 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  49.73 
 
 		 385 aa  330  4e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.05 
 
 		 398 aa  326  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  50.42 
 
 		 391 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  47.89 
 
 		 386 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  48.25 
 
 		 430 aa  308  9e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 		 391 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 391 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  49.58 
 
 		 391 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  47.88 
 
 		 386 aa  301  9e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  48.66 
 
 		 367 aa  299  5e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.92 
 
 		 384 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  45.91 
 
 		 408 aa  297  3e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.77 
 
 		 394 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  47.49 
 
 		 386 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  47.67 
 
 		 397 aa  293  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  45.81 
 
 		 428 aa  291  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.78 
 
 		 424 aa  288  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  46.53 
 
 		 386 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.11 
 
 		 384 aa  285  7e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  43.92 
 
 		 385 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  45.98 
 
 		 433 aa  282  7.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  48.78 
 
 		 430 aa  282  9e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.74 
 
 		 390 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  46.26 
 
 		 415 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  42.52 
 
 		 387 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.51 
 
 		 422 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  42.37 
 
 		 388 aa  278  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  42.37 
 
 		 395 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  42.37 
 
 		 395 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  42.82 
 
 		 394 aa  277  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  43.9 
 
 		 385 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  41.24 
 
 		 392 aa  277  2e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  43.9 
 
 		 385 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.26 
 
 		 436 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  45.88 
 
 		 400 aa  276  7e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.63 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  43.63 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  43.63 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  43.63 
 
 		 385 aa  275  8e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  45.64 
 
 		 434 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.66 
 
 		 395 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.59 
 
 		 433 aa  273  3e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  43.68 
 
 		 383 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  43.73 
 
 		 380 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  43.36 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  43.36 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  43.32 
 
 		 418 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  43.32 
 
 		 418 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  43.36 
 
 		 385 aa  272  7e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  44.59 
 
 		 400 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  46.39 
 
 		 409 aa  272  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  43.32 
 
 		 418 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  42.15 
 
 		 405 aa  271  1e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  41.23 
 
 		 442 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.88 
 
 		 392 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  41.23 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  42.28 
 
 		 400 aa  268  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  43.94 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.03 
 
 		 396 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  41.71 
 
 		 379 aa  268  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.43 
 
 		 410 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  43.67 
 
 		 409 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  43.67 
 
 		 409 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  43.67 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.67 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  43.67 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  43.67 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  43.67 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  43.67 
 
 		 397 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  41.24 
 
 		 395 aa  266  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 401 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  44.09 
 
 		 398 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  41.37 
 
 		 384 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  39.04 
 
 		 386 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  45.5 
 
 		 415 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  41.55 
 
 		 386 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  41.32 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  42.63 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  41.1 
 
 		 384 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  41.32 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  44.27 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  41.32 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  41.32 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  43.87 
 
 		 423 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.09 
 
 		 399 aa  263  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>