More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4027 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4027  secretion protein HlyD  100 
 
 		 399 aa  798    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.278871  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3781  secretion protein HlyD  86.47 
 
 		 398 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.012367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  78.93 
 
 		 399 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6935  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  64.17 
 
 		 377 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3539  secretion protein HlyD  62.28 
 
 		 402 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2742  secretion protein HlyD  62.15 
 
 		 401 aa  437  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.285178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  55.56 
 
 		 384 aa  359  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6004  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  56.05 
 
 		 378 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00823963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.89 
 
 		 385 aa  355  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2680  secretion protein HlyD  53.89 
 
 		 393 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957988  normal  0.305533 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.22 
 
 		 441 aa  349  5e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  49.22 
 
 		 441 aa  348  7e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.72 
 
 		 446 aa  347  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  52.82 
 
 		 447 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  52.99 
 
 		 406 aa  342  5.999999999999999e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.66 
 
 		 398 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2893  secretion protein HlyD  49.59 
 
 		 385 aa  324  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127871  normal  0.371656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  49.45 
 
 		 430 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  46.15 
 
 		 386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  49.26 
 
 		 367 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.99 
 
 		 391 aa  306  6e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  47.83 
 
 		 391 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  47.99 
 
 		 391 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3015  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.82 
 
 		 384 aa  296  5e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  47.9 
 
 		 408 aa  295  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4427  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.44 
 
 		 394 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  46.83 
 
 		 386 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  47.41 
 
 		 415 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.73 
 
 		 424 aa  293  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2941  RND family efflux transporter MFP subunit  49.26 
 
 		 397 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5495  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.65 
 
 		 384 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.318515  normal  0.60957 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  45.25 
 
 		 428 aa  289  6e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.55 
 
 		 436 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  49.69 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  45.53 
 
 		 434 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  45.43 
 
 		 386 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2593  multidrug resistance protein, AcrA/AcrE family  45.74 
 
 		 386 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.800698  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.37 
 
 		 422 aa  280  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  44.79 
 
 		 418 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  44.79 
 
 		 418 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  43.26 
 
 		 394 aa  278  9e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.78 
 
 		 433 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  42.39 
 
 		 392 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  46.18 
 
 		 433 aa  278  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  43.73 
 
 		 385 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  43.79 
 
 		 418 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.77 
 
 		 390 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  44.65 
 
 		 380 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  43.13 
 
 		 405 aa  275  8e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  46.57 
 
 		 400 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60850  multidrug efflux RND membrane fusion protein  44.04 
 
 		 387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  40.1 
 
 		 383 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  40.1 
 
 		 442 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  45.82 
 
 		 398 aa  272  7e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.85 
 
 		 395 aa  272  9e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  46.13 
 
 		 415 aa  272  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  39.79 
 
 		 386 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  43.15 
 
 		 382 aa  272  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  43.47 
 
 		 405 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 384 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  42.58 
 
 		 395 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 423 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 384 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  43.9 
 
 		 400 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.46 
 
 		 384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  42.17 
 
 		 395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  42.17 
 
 		 395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.99 
 
 		 392 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51550  multidrug efflux pump membrane fusion protein  43.65 
 
 		 383 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  42.17 
 
 		 388 aa  270  4e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  42.46 
 
 		 384 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  45.78 
 
 		 409 aa  269  8e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.53 
 
 		 386 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  42.12 
 
 		 382 aa  269  8e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  42.12 
 
 		 382 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.7 
 
 		 415 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  41.32 
 
 		 425 aa  266  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.17 
 
 		 399 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  41.45 
 
 		 381 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  41.95 
 
 		 386 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  41.77 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  41.77 
 
 		 385 aa  265  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.94 
 
 		 410 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  44.68 
 
 		 378 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5858  RND family efflux transporter MFP subunit  45.01 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.965315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.82 
 
 		 396 aa  264  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2867  RND family efflux transporter MFP subunit  42.42 
 
 		 401 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.966 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.52 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  41.67 
 
 		 386 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  43.94 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5240  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexC precursor  45.07 
 
 		 387 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  41.52 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2967  multidrug resistance protein  46.2 
 
 		 415 aa  263  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  41.52 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  41.52 
 
 		 385 aa  263  3e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.19 
 
 		 381 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  41.19 
 
 		 381 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.01 
 
 		 423 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  42.4 
 
 		 385 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>