152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2205 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2205  membrane-fusion protein  100 
 
 		 455 aa  912    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  61.05 
 
 		 449 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  61.35 
 
 		 435 aa  527  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  49.11 
 
 		 443 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  42.32 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  42.6 
 
 		 439 aa  365  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  38.86 
 
 		 451 aa  300  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  34 
 
 		 439 aa  204  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 455 aa  196  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 440 aa  180  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  24.89 
 
 		 393 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 410 aa  86.7  7e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  27.24 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  21.85 
 
 		 399 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  22.25 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  23.69 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  22.67 
 
 		 395 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  20.83 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  23.13 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  24.34 
 
 		 410 aa  67.4  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  23.74 
 
 		 398 aa  67  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  22.98 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  21.76 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  22.16 
 
 		 407 aa  66.2  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  27.65 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  27.65 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 471 aa  65.5  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  23.13 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  23.38 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.83 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.15 
 
 		 478 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 		 406 aa  63.2  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  31.07 
 
 		 418 aa  62  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 448 aa  61.2  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  23.95 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  22.62 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  27 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 387 aa  56.2  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  27 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  29.23 
 
 		 385 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3393  secretion protein HlyD family protein  30.35 
 
 		 350 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  27 
 
 		 390 aa  55.8  0.000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 462 aa  55.5  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  22.75 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  21.76 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 377 aa  54.7  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  20.95 
 
 		 405 aa  54.3  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  20.95 
 
 		 396 aa  53.9  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  22.29 
 
 		 413 aa  53.1  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 385 aa  53.1  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  23.13 
 
 		 369 aa  53.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 489 aa  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  30.39 
 
 		 334 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  26.79 
 
 		 394 aa  52.4  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  23.92 
 
 		 403 aa  52.4  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  27.27 
 
 		 349 aa  52.4  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4352  multidrug resistance protein MdtN  28.96 
 
 		 349 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  22.92 
 
 		 405 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  22.92 
 
 		 405 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  27.47 
 
 		 347 aa  51.6  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  25.79 
 
 		 380 aa  51.6  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  20.14 
 
 		 426 aa  51.2  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  22.78 
 
 		 370 aa  51.2  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  31.12 
 
 		 377 aa  50.8  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  25.59 
 
 		 388 aa  50.8  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.45 
 
 		 392 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  20.49 
 
 		 423 aa  50.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  26.6 
 
 		 487 aa  50.4  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  22.71 
 
 		 409 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4889  HlyD family secretion protein  25.13 
 
 		 459 aa  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.392756  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.44 
 
 		 439 aa  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.756916 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 412 aa  49.7  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  28.49 
 
 		 334 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.23 
 
 		 396 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.35 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 390 aa  48.5  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  25.56 
 
 		 391 aa  49.3  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  24.68 
 
 		 372 aa  48.9  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  25.16 
 
 		 384 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  23.15 
 
 		 390 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 414 aa  48.5  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.5 
 
 		 404 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  27.43 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  26.8 
 
 		 331 aa  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.43 
 
 		 396 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  22.63 
 
 		 402 aa  48.5  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  26.8 
 
 		 331 aa  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  22.06 
 
 		 392 aa  47.8  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24.62 
 
 		 413 aa  47.8  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  21.85 
 
 		 410 aa  47.8  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4112  multidrug resistance protein MdtN  29.38 
 
 		 349 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.718729  normal  0.0575764 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00182  acriflavine resistance protein a precursor  21.28 
 
 		 381 aa  47.4  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  23.83 
 
 		 420 aa  47.4  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  25.37 
 
 		 439 aa  47  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  26.04 
 
 		 417 aa  47  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0487  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 387 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.132982 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0516  secretion protein HlyD family protein  26.06 
 
 		 389 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  23.94 
 
 		 403 aa  47  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>