More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0242 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  100 
 
 		 414 aa  831    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  34.7 
 
 		 415 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  33.83 
 
 		 413 aa  225  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  33.5 
 
 		 418 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  30.07 
 
 		 418 aa  193  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 		 412 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 439 aa  170  4e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.756916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  26.12 
 
 		 449 aa  89.7  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.91 
 
 		 410 aa  88.6  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  23.92 
 
 		 439 aa  86.7  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1757  secretion protein HlyD  23.19 
 
 		 448 aa  77  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1575  RND membrane fusion protein AcrA  21.99 
 
 		 448 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.853878 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.31 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  23.93 
 
 		 442 aa  73.2  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.55 
 
 		 376 aa  72.4  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 431 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.92 
 
 		 377 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  24.21 
 
 		 439 aa  70.1  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  24.71 
 
 		 396 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.33 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2492  RND family efflux transporter subunit MFP  22.58 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.311613  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  24.75 
 
 		 449 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  23.49 
 
 		 417 aa  67  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  24.25 
 
 		 383 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  23.39 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  29.69 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  23.17 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.99 
 
 		 432 aa  66.2  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  22.88 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.29 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.56 
 
 		 390 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  24.46 
 
 		 367 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3248  RND family efflux transporter MFP subunit  22.78 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000122145  hitchhiker  0.000539204 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  24.91 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.67 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1531  secretion protein HlyD  25.23 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000126911  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 445 aa  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  26.56 
 
 		 394 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  24.82 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.18 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  24.19 
 
 		 370 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  25.4 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  24.19 
 
 		 370 aa  63.2  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1332  secretion protein HlyD family protein  26.39 
 
 		 342 aa  62.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.729441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  24.19 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  23.74 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  23.74 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.1 
 
 		 462 aa  62.8  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1309  HlyD family secretion protein  24.35 
 
 		 388 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  25.23 
 
 		 374 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  24.27 
 
 		 380 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  24.47 
 
 		 415 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.04 
 
 		 442 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 414 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  23.98 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.93 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.15 
 
 		 438 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  24.47 
 
 		 415 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  23.74 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  25.66 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  25.44 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  23.74 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.96 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0473  hypothetical protein  26.44 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  32.69 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  23.76 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  24.47 
 
 		 455 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.33 
 
 		 469 aa  60.1  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  25.36 
 
 		 394 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  24.8 
 
 		 426 aa  60.1  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  23.76 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2146  RND family efflux transporter MFP subunit  22.96 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0449485  normal  0.0115764 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  24.47 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  23.76 
 
 		 369 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2205  membrane-fusion protein  27.67 
 
 		 455 aa  60.1  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  24.85 
 
 		 371 aa  60.1  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.76 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.47 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  24.47 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.93 
 
 		 358 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  25.4 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0497  hypothetical protein  25.96 
 
 		 345 aa  59.7  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.45 
 
 		 379 aa  59.7  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  23.23 
 
 		 384 aa  59.7  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  29.6 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1438  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.16508 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  23.88 
 
 		 377 aa  59.3  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.86 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3234  hypothetical protein  27.65 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.475662  normal  0.284484 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  24.2 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  23.53 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.02 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>