More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0838 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 387 aa  765    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  92.25 
 
 		 387 aa  697    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  71.07 
 
 		 386 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1309  HlyD family secretion protein  61.86 
 
 		 388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  62.63 
 
 		 388 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  48.83 
 
 		 385 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3894  RND efflux membrane fusion protein precursor  51.03 
 
 		 385 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  43.79 
 
 		 435 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  42.97 
 
 		 389 aa  272  8.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  45.7 
 
 		 441 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  42.18 
 
 		 426 aa  265  7e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  41.59 
 
 		 426 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  38.78 
 
 		 444 aa  262  8e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  41.72 
 
 		 434 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 398 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  45.18 
 
 		 523 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 430 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  40.94 
 
 		 459 aa  258  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  45.62 
 
 		 498 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  42.26 
 
 		 451 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  41.52 
 
 		 435 aa  256  6e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  37.91 
 
 		 411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  40.52 
 
 		 455 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  40.52 
 
 		 415 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  40.52 
 
 		 415 aa  253  5.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.52 
 
 		 415 aa  253  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  41.13 
 
 		 464 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  40.52 
 
 		 415 aa  253  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  43.07 
 
 		 436 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  40.52 
 
 		 415 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  41.74 
 
 		 449 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  40.52 
 
 		 415 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  38.38 
 
 		 395 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  41.77 
 
 		 462 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.34 
 
 		 462 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.34 
 
 		 462 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  40.96 
 
 		 415 aa  249  4e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  39.73 
 
 		 411 aa  249  5e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  42.3 
 
 		 435 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  40.23 
 
 		 415 aa  247  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.99 
 
 		 435 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  38.46 
 
 		 456 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.99 
 
 		 455 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  39.73 
 
 		 407 aa  243  6e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  40.26 
 
 		 387 aa  242  9e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  41.91 
 
 		 450 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  41.43 
 
 		 454 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  38.87 
 
 		 422 aa  241  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  41.43 
 
 		 457 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  41.21 
 
 		 413 aa  239  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  38.86 
 
 		 454 aa  239  5.999999999999999e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  37.32 
 
 		 463 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  41.14 
 
 		 457 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  37.56 
 
 		 457 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  39.18 
 
 		 473 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  42.52 
 
 		 414 aa  237  3e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  41.87 
 
 		 413 aa  237  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  38.34 
 
 		 457 aa  236  4e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  41.87 
 
 		 413 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  41.87 
 
 		 413 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2670  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  41.18 
 
 		 426 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768547  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2530  RND family efflux transporter MFP subunit  41.32 
 
 		 412 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  40.52 
 
 		 419 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  41.57 
 
 		 413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  39.6 
 
 		 460 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  39.84 
 
 		 427 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1418  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  41.32 
 
 		 425 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  41.32 
 
 		 414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2144  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  41.32 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3170  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  41.32 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.8 
 
 		 391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  39.57 
 
 		 412 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  41.32 
 
 		 411 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.23 
 
 		 414 aa  233  5e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  41.52 
 
 		 433 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.95 
 
 		 434 aa  233  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  36.06 
 
 		 444 aa  232  9e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.62 
 
 		 440 aa  231  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  37.73 
 
 		 389 aa  232  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  36.06 
 
 		 444 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  40.43 
 
 		 459 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  38.07 
 
 		 413 aa  230  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  40.9 
 
 		 460 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  38.68 
 
 		 427 aa  229  5e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0346  RND family efflux transporter MFP subunit  41.74 
 
 		 360 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.499232  normal  0.99105 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  41.54 
 
 		 469 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  44.14 
 
 		 404 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  40.06 
 
 		 462 aa  226  6e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 		 462 aa  226  6e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.23 
 
 		 462 aa  226  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 		 408 aa  225  9e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.14 
 
 		 389 aa  225  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2038  RND family efflux transporter MFP subunit  39.88 
 
 		 482 aa  225  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0373239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  39.01 
 
 		 445 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  39.01 
 
 		 445 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1951  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  39.52 
 
 		 438 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  39.49 
 
 		 401 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  38.74 
 
 		 442 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3581  secretion protein HlyD  39.83 
 
 		 407 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  37.7 
 
 		 413 aa  223  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>