More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3234 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3234  hypothetical protein  100 
 
 		 309 aa  632  1e-180  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.475662  normal  0.284484 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0923  secretion protein HlyD  35.77 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00699557  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2397  secretion protein HlyD family protein  38.71 
 
 		 289 aa  160  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.689244  normal  0.456873 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0621  secretion protein HlyD  36.43 
 
 		 245 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2674  secretion protein HlyD family protein  37.94 
 
 		 289 aa  159  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0130408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2356  secretion protein HlyD family protein  39.34 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1344  secretion protein HlyD  39.84 
 
 		 237 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.44179  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2174  hypothetical protein  31.71 
 
 		 261 aa  122  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0043286  normal  0.543418 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.49 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 379 aa  79.3  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.88 
 
 		 380 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  26.67 
 
 		 412 aa  77  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 414 aa  76.3  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  27.7 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.64 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 489 aa  73.6  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  26.96 
 
 		 390 aa  72  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  25.59 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  32.4 
 
 		 396 aa  72  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  26.47 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  26.47 
 
 		 390 aa  70.9  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.17 
 
 		 453 aa  70.5  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  28.5 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  26.73 
 
 		 407 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.18 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2192  RND family efflux transporter MFP subunit  29.1 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 		 471 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  28.63 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5198  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 		 366 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.197197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 		 410 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.99 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4376  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.349604 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  28.33 
 
 		 416 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  24.03 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  24.03 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.58 
 
 		 407 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 409 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  28.45 
 
 		 382 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0045  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 356 aa  65.5  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  27.66 
 
 		 437 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 		 431 aa  65.1  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  25.12 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.39 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.27 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4295  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 466 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.073476  normal  0.845427 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 		 376 aa  63.5  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  28.82 
 
 		 405 aa  63.2  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.61 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  26.04 
 
 		 394 aa  62.8  0.000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4768  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 		 453 aa  62.4  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 357 aa  62.4  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  25.1 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  24.69 
 
 		 352 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  21.32 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  29.61 
 
 		 350 aa  62  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.08 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2743  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 		 358 aa  62  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.125422  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2795  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 388 aa  62  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.63 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  27.71 
 
 		 414 aa  62  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.08 
 
 		 426 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  27.04 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 		 383 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0900  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2224  multidrug efflux pump, membrane fusion protein  28.21 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2816  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3155  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0889  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 384 aa  61.2  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000756331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  27.5 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38395  periplasmic multidrug efflux lipoprotein precursor  28.12 
 
 		 396 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0159861 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 416 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  26.81 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  26.45 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.48 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 445 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  25.42 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1083  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0380532  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.23 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4935  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.659289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  24.68 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.93 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.93 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>