More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0107 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_0107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 415 aa  815    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  25.39 
 
 		 426 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 410 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  30.95 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.43 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.23 
 
 		 397 aa  99  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.29 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.4 
 
 		 418 aa  99.4  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 509 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.33 
 
 		 349 aa  96.3  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 462 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.87 
 
 		 380 aa  93.2  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.68 
 
 		 386 aa  93.2  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  25.5 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 460 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.22 
 
 		 425 aa  92.8  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  26.76 
 
 		 368 aa  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  25.11 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.12 
 
 		 350 aa  91.3  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  26.03 
 
 		 418 aa  91.3  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  27.53 
 
 		 414 aa  91.3  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 379 aa  90.9  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 462 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.71 
 
 		 411 aa  90.9  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.93 
 
 		 462 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.15 
 
 		 426 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 462 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  28.01 
 
 		 498 aa  90.1  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  25.83 
 
 		 386 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 462 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 387 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.97 
 
 		 414 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.87 
 
 		 426 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 430 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  27.48 
 
 		 373 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 464 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 		 412 aa  88.6  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  29.4 
 
 		 427 aa  88.2  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  24.02 
 
 		 348 aa  88.2  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  26.78 
 
 		 435 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 436 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 418 aa  88.2  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  25.6 
 
 		 387 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  26.11 
 
 		 393 aa  87.4  5e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 365 aa  87  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 435 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  26.25 
 
 		 411 aa  86.7  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  27.06 
 
 		 431 aa  86.3  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.31 
 
 		 462 aa  86.3  9e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.72 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 397 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  27.86 
 
 		 523 aa  86.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  25.84 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  27.23 
 
 		 396 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28 
 
 		 385 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 409 aa  86.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 432 aa  85.1  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  26.9 
 
 		 449 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  23.7 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 		 364 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.5 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.68 
 
 		 370 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 381 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0916  efflux transporter  26.5 
 
 		 396 aa  84.3  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 363 aa  84.3  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.13 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  25.23 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 		 393 aa  84  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 426 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.94 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 366 aa  83.6  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  25.14 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  20.87 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 414 aa  82.8  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.26 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.68 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  25.81 
 
 		 408 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  23.64 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.14 
 
 		 421 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  22.49 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.11 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 		 394 aa  81.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.95 
 
 		 442 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  26.24 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.97 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 421 aa  81.6  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.53 
 
 		 382 aa  80.9  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61893  normal  0.28668 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 371 aa  80.9  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.76 
 
 		 381 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  26.98 
 
 		 407 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  26.16 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.16 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.12 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>