More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4661 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  100 
 
 		 386 aa  766    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  70.31 
 
 		 387 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  70.95 
 
 		 387 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1309  HlyD family secretion protein  66.31 
 
 		 388 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  64.18 
 
 		 388 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3894  RND efflux membrane fusion protein precursor  49.47 
 
 		 385 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45910  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  48.43 
 
 		 385 aa  315  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.170535  normal  0.980017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  41.76 
 
 		 398 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  38.72 
 
 		 426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.72 
 
 		 426 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  38.81 
 
 		 411 aa  239  5e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  40.94 
 
 		 441 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  42.31 
 
 		 451 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  39.3 
 
 		 435 aa  237  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  41.07 
 
 		 523 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  36.8 
 
 		 498 aa  236  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  36.91 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.67 
 
 		 440 aa  234  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  36.24 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  38.16 
 
 		 464 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  38.52 
 
 		 389 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  40.95 
 
 		 414 aa  229  8e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.1 
 
 		 455 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  35.92 
 
 		 434 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  37.18 
 
 		 435 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  38.14 
 
 		 459 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 430 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  39.05 
 
 		 462 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  35.51 
 
 		 386 aa  225  9e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  38.87 
 
 		 449 aa  225  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  36.05 
 
 		 389 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  40.51 
 
 		 473 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  37.7 
 
 		 422 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  40.17 
 
 		 460 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 		 444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.17 
 
 		 462 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  38.55 
 
 		 436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.17 
 
 		 462 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  38.86 
 
 		 454 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  38.21 
 
 		 427 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.72 
 
 		 414 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  39.07 
 
 		 412 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.25 
 
 		 435 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  38.59 
 
 		 457 aa  215  9e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  37.4 
 
 		 387 aa  215  9e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  38.25 
 
 		 435 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  36.66 
 
 		 450 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.01 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  38.01 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  38.01 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0346  RND family efflux transporter MFP subunit  40.75 
 
 		 360 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.499232  normal  0.99105 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  38.01 
 
 		 455 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  38.01 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  35.13 
 
 		 411 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  38.01 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.84 
 
 		 416 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  38.01 
 
 		 415 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  35.16 
 
 		 445 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  38.01 
 
 		 415 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  35.16 
 
 		 445 aa  213  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  37.87 
 
 		 459 aa  212  7.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  38.01 
 
 		 415 aa  211  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  36.39 
 
 		 444 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  36.6 
 
 		 427 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  35.16 
 
 		 442 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  34.34 
 
 		 576 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.67 
 
 		 391 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.84 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1488  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 411 aa  210  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  36.6 
 
 		 444 aa  210  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.73 
 
 		 384 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.39 
 
 		 389 aa  209  5e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2670  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  36.55 
 
 		 426 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 		 457 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  36.84 
 
 		 413 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  35.23 
 
 		 454 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  33.98 
 
 		 419 aa  208  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  39.61 
 
 		 411 aa  207  2e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2530  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 412 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2038  RND family efflux transporter MFP subunit  36.69 
 
 		 482 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0373239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  35.78 
 
 		 469 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  37.13 
 
 		 414 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  35.19 
 
 		 456 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  33.92 
 
 		 464 aa  207  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1418  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  37.13 
 
 		 425 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2144  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  37.13 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3170  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  37.13 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  36.83 
 
 		 460 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 411 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  34.94 
 
 		 457 aa  206  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 408 aa  206  7e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  38.42 
 
 		 413 aa  205  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.99 
 
 		 462 aa  205  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 407 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  37.96 
 
 		 413 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  38.11 
 
 		 413 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  38.17 
 
 		 377 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  38.14 
 
 		 413 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  34.9 
 
 		 463 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  38.14 
 
 		 413 aa  202  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>