More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1389 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1389  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 435 aa  879    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.379904  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.52 
 
 		 435 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.961287  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1088  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.92 
 
 		 431 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.745056 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  37.61 
 
 		 392 aa  206  9e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0816  HlyD family secretion protein  38.77 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.24 
 
 		 416 aa  197  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  37.46 
 
 		 412 aa  193  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3252  RND family efflux transporter MFP subunit  37.35 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  34.38 
 
 		 395 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  32.37 
 
 		 441 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3581  secretion protein HlyD  37.43 
 
 		 407 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  32.56 
 
 		 435 aa  178  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.63 
 
 		 440 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  33.23 
 
 		 407 aa  169  9e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  34.95 
 
 		 400 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.56 
 
 		 426 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  33.03 
 
 		 388 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.56 
 
 		 434 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 427 aa  167  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  32.27 
 
 		 426 aa  166  8e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  33.13 
 
 		 387 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.91 
 
 		 379 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1971  secretion protein HlyD  33.93 
 
 		 362 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  36.31 
 
 		 433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  32.76 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  32.94 
 
 		 422 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 454 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1334  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.03 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0169276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  32.38 
 
 		 444 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  32.17 
 
 		 387 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  32.38 
 
 		 444 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  32.38 
 
 		 427 aa  163  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  32.52 
 
 		 389 aa  163  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  31.53 
 
 		 411 aa  163  6e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  33.84 
 
 		 450 aa  163  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 457 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.04 
 
 		 384 aa  163  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  33.06 
 
 		 415 aa  163  7e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  33.06 
 
 		 415 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  33.06 
 
 		 415 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1309  HlyD family secretion protein  32.73 
 
 		 388 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  30.4 
 
 		 413 aa  162  9e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  30.66 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 463 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 407 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.99 
 
 		 414 aa  160  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 389 aa  161  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  33.54 
 
 		 457 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 469 aa  161  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  32.94 
 
 		 457 aa  161  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  32.78 
 
 		 415 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  33.06 
 
 		 415 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  32.78 
 
 		 415 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  33.06 
 
 		 455 aa  160  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  32.78 
 
 		 415 aa  160  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  35.74 
 
 		 462 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.51 
 
 		 455 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  32.32 
 
 		 456 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  32.83 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  31.44 
 
 		 444 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  34.62 
 
 		 464 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  31.92 
 
 		 411 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  33.02 
 
 		 411 aa  156  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  32.53 
 
 		 414 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  32.75 
 
 		 576 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  31.42 
 
 		 387 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  31.48 
 
 		 389 aa  155  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1488  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 411 aa  155  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 436 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  30.73 
 
 		 386 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 		 386 aa  155  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  32.16 
 
 		 404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  34.34 
 
 		 473 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  32.12 
 
 		 458 aa  154  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  30.43 
 
 		 435 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 		 377 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 459 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 		 435 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  31.67 
 
 		 445 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  31.67 
 
 		 445 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 435 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  31.18 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  31.67 
 
 		 442 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  31.25 
 
 		 460 aa  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 430 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.61 
 
 		 451 aa  150  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  31.64 
 
 		 430 aa  150  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  33.23 
 
 		 435 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.72 
 
 		 455 aa  149  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568711  normal  0.749765 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  31.91 
 
 		 394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  32.92 
 
 		 451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  32.53 
 
 		 398 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2420  RND family efflux transporter MFP subunit  32.23 
 
 		 421 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.304256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3894  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.93 
 
 		 385 aa  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2856  RND family efflux transporter MFP subunit  32.12 
 
 		 417 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.28 
 
 		 462 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.22 
 
 		 462 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  30.28 
 
 		 462 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>