More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3581 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  78.24 
 
 		 412 aa  637    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3581  secretion protein HlyD  100 
 
 		 407 aa  811    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  46.36 
 
 		 400 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1971  secretion protein HlyD  45.03 
 
 		 362 aa  281  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1334  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  46.67 
 
 		 393 aa  272  9e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0169276  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0970  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.77 
 
 		 375 aa  268  8.999999999999999e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1025  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 		 437 aa  253  5.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0127798  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  39.39 
 
 		 387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  39.83 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.05 
 
 		 440 aa  229  5e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  37.76 
 
 		 389 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  37.43 
 
 		 398 aa  225  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  38.84 
 
 		 407 aa  224  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  38.4 
 
 		 387 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  36.86 
 
 		 389 aa  223  6e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  38.14 
 
 		 426 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  40.06 
 
 		 395 aa  222  9e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.02 
 
 		 381 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  36.84 
 
 		 411 aa  218  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  36.29 
 
 		 413 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  38.02 
 
 		 426 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.06 
 
 		 389 aa  218  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  37.74 
 
 		 388 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  37.93 
 
 		 454 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  36.59 
 
 		 464 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.79 
 
 		 455 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  37.8 
 
 		 459 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  36.81 
 
 		 464 aa  211  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  35.92 
 
 		 457 aa  210  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  37.2 
 
 		 407 aa  210  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  36.01 
 
 		 451 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.96 
 
 		 414 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1418  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.96 
 
 		 425 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2530  RND family efflux transporter MFP subunit  38.96 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2670  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.96 
 
 		 426 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768547  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  37.89 
 
 		 386 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3170  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.96 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.11 
 
 		 416 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2144  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.96 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254489  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  34.95 
 
 		 395 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.36 
 
 		 462 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.36 
 
 		 462 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  38.96 
 
 		 411 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  33.25 
 
 		 444 aa  206  7e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 427 aa  206  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1309  HlyD family secretion protein  36.66 
 
 		 388 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  39.76 
 
 		 394 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  33 
 
 		 444 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  37.2 
 
 		 460 aa  203  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  33.85 
 
 		 422 aa  202  6e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  37.17 
 
 		 414 aa  202  7e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.83 
 
 		 414 aa  202  9e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.2 
 
 		 451 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1951  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  38.96 
 
 		 438 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  34.1 
 
 		 576 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.83 
 
 		 384 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  34.68 
 
 		 462 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  35.86 
 
 		 427 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  36.89 
 
 		 458 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.15 
 
 		 462 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  36.89 
 
 		 389 aa  200  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  36.16 
 
 		 433 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  37.28 
 
 		 377 aa  199  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.38 
 
 		 434 aa  199  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  34.59 
 
 		 415 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  34.59 
 
 		 415 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  35.43 
 
 		 442 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  33.09 
 
 		 460 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  31.96 
 
 		 411 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 463 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1788  RND family efflux transporter MFP subunit  40.18 
 
 		 383 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  33.33 
 
 		 445 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  34.59 
 
 		 415 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  34.59 
 
 		 415 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  37.57 
 
 		 498 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  33.33 
 
 		 445 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.59 
 
 		 415 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4556  RND family efflux transporter MFP subunit  36.84 
 
 		 383 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589535  normal  0.76991 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  34.59 
 
 		 415 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  36.34 
 
 		 469 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  37.84 
 
 		 459 aa  196  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  34.59 
 
 		 455 aa  196  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 		 454 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  32.29 
 
 		 456 aa  195  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  35.01 
 
 		 457 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 		 457 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  32.63 
 
 		 407 aa  195  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.19 
 
 		 440 aa  195  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 436 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  34.5 
 
 		 415 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  33.16 
 
 		 473 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  34.83 
 
 		 415 aa  193  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  37.03 
 
 		 523 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  35.42 
 
 		 430 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  35.37 
 
 		 462 aa  192  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2856  RND family efflux transporter MFP subunit  34.84 
 
 		 417 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  37 
 
 		 449 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.37 
 
 		 462 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>