More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0970 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0970  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 375 aa  740    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1334  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  48.88 
 
 		 393 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0169276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  44.48 
 
 		 412 aa  282  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  47.68 
 
 		 400 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3581  secretion protein HlyD  46.29 
 
 		 407 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1971  secretion protein HlyD  41.52 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1025  RND family efflux transporter MFP subunit  40.05 
 
 		 437 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0127798  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 389 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  37.53 
 
 		 414 aa  203  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  37.83 
 
 		 445 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  38.1 
 
 		 442 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 		 414 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  39.03 
 
 		 445 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.15 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  38.66 
 
 		 576 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  37.46 
 
 		 407 aa  193  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.22 
 
 		 387 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4556  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 		 383 aa  192  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589535  normal  0.76991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  38.21 
 
 		 387 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  35.88 
 
 		 395 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  38.57 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  37.54 
 
 		 456 aa  189  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 430 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  37.16 
 
 		 411 aa  188  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  37.17 
 
 		 401 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.46 
 
 		 384 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  34.58 
 
 		 422 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.04 
 
 		 434 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  36.64 
 
 		 457 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  36.55 
 
 		 463 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 460 aa  186  7e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.31 
 
 		 462 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.31 
 
 		 462 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  36.52 
 
 		 454 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  36.52 
 
 		 457 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  35.44 
 
 		 433 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  37 
 
 		 450 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  36.23 
 
 		 457 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  36.09 
 
 		 435 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  36.15 
 
 		 413 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 462 aa  182  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.6 
 
 		 379 aa  181  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 386 aa  182  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1488  RND family efflux transporter MFP subunit  37.61 
 
 		 411 aa  181  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 		 416 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  37.8 
 
 		 411 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2826  secretion protein HlyD  37.2 
 
 		 464 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.45041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  36.34 
 
 		 410 aa  180  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  34.07 
 
 		 434 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  33.61 
 
 		 407 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 458 aa  179  9e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  35.14 
 
 		 413 aa  179  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  34.59 
 
 		 462 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  35.78 
 
 		 395 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.59 
 
 		 462 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  35.57 
 
 		 427 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  35.78 
 
 		 449 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  36.83 
 
 		 498 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  37.28 
 
 		 398 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  37.61 
 
 		 457 aa  176  5e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.86 
 
 		 377 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2803  secretion protein HlyD  35.33 
 
 		 376 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.602838  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  35.78 
 
 		 394 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2497  secretion protein HlyD  36.23 
 
 		 376 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0156219  normal  0.535826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  40 
 
 		 462 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.08 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  36.96 
 
 		 523 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2829  secretion protein HlyD  35.08 
 
 		 433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2591  RND family efflux transporter MFP subunit  36.59 
 
 		 463 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.422822  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 451 aa  173  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0426406  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  35.17 
 
 		 469 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  36.61 
 
 		 441 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  39.12 
 
 		 464 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  37.83 
 
 		 454 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  35.24 
 
 		 407 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  36.75 
 
 		 408 aa  171  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  35.84 
 
 		 387 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 		 391 aa  171  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  32.48 
 
 		 435 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2038  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 482 aa  169  6e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0373239  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  33.61 
 
 		 444 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3252  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 431 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 		 416 aa  169  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  34.18 
 
 		 415 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.59 
 
 		 435 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  34.18 
 
 		 415 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  34.59 
 
 		 386 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  37.47 
 
 		 451 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  34.18 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  33.03 
 
 		 426 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.18 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  33.33 
 
 		 427 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  34.18 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.03 
 
 		 426 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  33.33 
 
 		 444 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  34.18 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  33.64 
 
 		 435 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2757  secretion protein HlyD  35.08 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220243  normal  0.336362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  33.94 
 
 		 430 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  33.33 
 
 		 444 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>