More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0064 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 377 aa  758    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  60.96 
 
 		 395 aa  428  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  57.1 
 
 		 407 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  59.59 
 
 		 394 aa  381  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  49.59 
 
 		 407 aa  349  5e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.72 
 
 		 379 aa  335  1e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.08 
 
 		 440 aa  330  3e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 		 416 aa  286  4e-76  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.33 
 
 		 384 aa  267  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  41.69 
 
 		 389 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  42.12 
 
 		 411 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 398 aa  250  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.88 
 
 		 389 aa  248  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1788  RND family efflux transporter MFP subunit  45.61 
 
 		 383 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1942  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.06 
 
 		 372 aa  245  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.547654  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  39.77 
 
 		 395 aa  245  8e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.78 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2803  secretion protein HlyD  38.87 
 
 		 376 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.602838  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  38.28 
 
 		 389 aa  240  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 		 407 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  39.36 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2757  secretion protein HlyD  38.17 
 
 		 376 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220243  normal  0.336362 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2021  secretion protein HlyD  47.71 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.508004  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.74 
 
 		 416 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.6 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  36.77 
 
 		 435 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  38.37 
 
 		 441 aa  226  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  37.65 
 
 		 450 aa  225  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  36.75 
 
 		 449 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  35.87 
 
 		 408 aa  223  3e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 387 aa  223  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.6 
 
 		 440 aa  223  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  37.43 
 
 		 460 aa  223  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2497  secretion protein HlyD  38.62 
 
 		 376 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0156219  normal  0.535826 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4556  RND family efflux transporter MFP subunit  38.44 
 
 		 383 aa  222  7e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589535  normal  0.76991 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  36.8 
 
 		 457 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.35 
 
 		 407 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  36.76 
 
 		 463 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  36.8 
 
 		 456 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  38.37 
 
 		 444 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  36.44 
 
 		 414 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  37.76 
 
 		 434 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  37.98 
 
 		 445 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  38.53 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  37.98 
 
 		 445 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.01 
 
 		 414 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  36.18 
 
 		 454 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  36.18 
 
 		 457 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  37.69 
 
 		 442 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  36.18 
 
 		 457 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 		 462 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.14 
 
 		 462 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  36.86 
 
 		 430 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.25 
 
 		 381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  32.83 
 
 		 411 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  34.8 
 
 		 415 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  37.09 
 
 		 576 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  35 
 
 		 415 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  35 
 
 		 415 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  35.82 
 
 		 435 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 387 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 436 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  35.93 
 
 		 451 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.37 
 
 		 455 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  36.59 
 
 		 454 aa  212  7.999999999999999e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.67 
 
 		 426 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  38.07 
 
 		 459 aa  212  9e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.71 
 
 		 415 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  34.71 
 
 		 415 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  34.71 
 
 		 415 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  34.71 
 
 		 415 aa  211  1e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  34.71 
 
 		 455 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  36.29 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  35 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  35.65 
 
 		 498 aa  209  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  37.93 
 
 		 459 aa  209  7e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.08 
 
 		 437 aa  209  8e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  35.09 
 
 		 426 aa  209  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  37.08 
 
 		 523 aa  209  9e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  37.69 
 
 		 473 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  36.23 
 
 		 387 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.67 
 
 		 435 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.01 
 
 		 455 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568711  normal  0.749765 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.44 
 
 		 388 aa  207  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 469 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  35.12 
 
 		 433 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  36.18 
 
 		 464 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2670  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  35.39 
 
 		 426 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.768547  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  37.8 
 
 		 462 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2530  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 		 412 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  37.72 
 
 		 412 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1418  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  35.11 
 
 		 425 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3170  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  35.11 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1643  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  35.11 
 
 		 414 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0226554  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2144  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  35.11 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.254489  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1231  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.95 
 
 		 426 aa  204  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 		 435 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  34.14 
 
 		 419 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2583  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 411 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  36.1 
 
 		 411 aa  203  4e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>