204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1638 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1638  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 373 aa  747    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000343262  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0708  secretion protein HlyD  56.33 
 
 		 381 aa  419  1e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.769717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0812  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.9 
 
 		 382 aa  352  8e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.44 
 
 		 387 aa  346  3e-94  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.422542 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  34.64 
 
 		 390 aa  234  2.0000000000000002e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.57 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 395 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  20.32 
 
 		 426 aa  67  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  23.04 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 380 aa  62.8  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  23.82 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  25 
 
 		 402 aa  60.1  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  23.48 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  23.77 
 
 		 387 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  24.09 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  22.74 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  25.43 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  22.28 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  25.57 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  24.22 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 366 aa  55.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.6 
 
 		 375 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.37122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 430 aa  55.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  23.21 
 
 		 376 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  26.6 
 
 		 400 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.4 
 
 		 393 aa  54.3  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  21.84 
 
 		 379 aa  54.3  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  23.32 
 
 		 407 aa  54.7  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  22.66 
 
 		 410 aa  54.3  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  24.13 
 
 		 366 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  21.32 
 
 		 372 aa  53.5  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2512  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.01 
 
 		 383 aa  53.5  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 		 405 aa  53.5  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  23.45 
 
 		 387 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  23.69 
 
 		 357 aa  53.1  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  21.39 
 
 		 404 aa  53.1  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  22.1 
 
 		 403 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1218  secretion protein HlyD  23.78 
 
 		 402 aa  52.4  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.902251  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  23.15 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 386 aa  51.6  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  24.59 
 
 		 368 aa  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.76 
 
 		 392 aa  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392204 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.03 
 
 		 363 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.03 
 
 		 363 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 365 aa  51.2  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0236  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 		 379 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.94922  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 400 aa  50.4  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  24.08 
 
 		 419 aa  50.4  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.87 
 
 		 397 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 381 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.32 
 
 		 455 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 386 aa  50.1  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.32 
 
 		 402 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 386 aa  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  21.82 
 
 		 403 aa  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2836  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 		 446 aa  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113713  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  18.13 
 
 		 410 aa  49.7  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  27.66 
 
 		 417 aa  49.7  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0142  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 389 aa  49.7  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.285006 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  23.21 
 
 		 378 aa  49.7  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  26.01 
 
 		 397 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  24.24 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 383 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  27.67 
 
 		 375 aa  48.9  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  22.85 
 
 		 405 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.82 
 
 		 403 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.37 
 
 		 396 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 		 433 aa  49.3  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  22.39 
 
 		 370 aa  48.9  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  24 
 
 		 382 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  20.27 
 
 		 410 aa  48.5  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  22.3 
 
 		 387 aa  48.1  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  23.59 
 
 		 392 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  22.09 
 
 		 403 aa  48.5  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 356 aa  47.8  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 364 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  20 
 
 		 352 aa  47.8  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  21.07 
 
 		 388 aa  47.4  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.61 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 397 aa  47.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  21.41 
 
 		 382 aa  47.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.89 
 
 		 380 aa  47.4  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 446 aa  47.4  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.01 
 
 		 530 aa  47  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  22.59 
 
 		 361 aa  47.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  23.79 
 
 		 397 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5686  RND family efflux transporter MFP subunit  24.56 
 
 		 401 aa  46.6  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.214167 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 384 aa  46.6  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0035  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 404 aa  47  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 360 aa  46.6  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  22.45 
 
 		 383 aa  46.6  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>