More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1486 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1486  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 693 aa  1408    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.643669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  36.92 
 
 		 694 aa  422  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 687 aa  254  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 722 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 720 aa  152  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 695 aa  151  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 666 aa  144  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 670 aa  141  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 748 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 700 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 757 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0838  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 671 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1495  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 662 aa  136  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0440927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 680 aa  135  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 690 aa  135  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 690 aa  134  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.84 
 
 		 715 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  25.47 
 
 		 673 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 732 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 853 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 720 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 851 aa  128  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1436  TonB-dependent siderophore receptor  24.92 
 
 		 669 aa  128  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 755 aa  127  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 733 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 713 aa  125  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 713 aa  124  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 710 aa  124  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 790 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 790 aa  124  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 743 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 743 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  22.71 
 
 		 729 aa  122  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 744 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 713 aa  120  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 724 aa  120  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  21.79 
 
 		 712 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 		 733 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 		 744 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 687 aa  117  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  25.83 
 
 		 767 aa  117  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  21.53 
 
 		 744 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 736 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  24.57 
 
 		 685 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 737 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 729 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 771 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 741 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 778 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  24.1 
 
 		 691 aa  110  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3870  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 726 aa  110  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.472213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 722 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 732 aa  110  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 704 aa  110  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 732 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 722 aa  108  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 751 aa  108  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2248  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 777 aa  108  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.355949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 733 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 688 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 702 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 764 aa  104  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 753 aa  104  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3785  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 748 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.440403  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 730 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 734 aa  102  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 803 aa  100  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 717 aa  100  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4751  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 795 aa  99.8  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0405819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1747  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 771 aa  99.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 763 aa  99.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  24.19 
 
 		 739 aa  99.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 710 aa  98.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 743 aa  98.2  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 802 aa  98.2  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 730 aa  98.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  21.66 
 
 		 641 aa  95.9  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 783 aa  96.3  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 712 aa  95.5  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 797 aa  95.5  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1533  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 720 aa  94.4  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 705 aa  94.4  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 711 aa  94.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  24.94 
 
 		 759 aa  94  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 705 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 778 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0931  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 747 aa  92  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 788 aa  91.3  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 712 aa  90.9  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 763 aa  90.5  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0027  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 754 aa  90.5  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.634145  normal  0.0299657 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1077  TonB-dependent receptor, plug  22.86 
 
 		 856 aa  90.1  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.175922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1081  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 734 aa  90.1  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 705 aa  90.5  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1499  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 649 aa  90.1  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.378064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 773 aa  89.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  22.01 
 
 		 684 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1400  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 678 aa  88.6  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 761 aa  88.2  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  21.09 
 
 		 726 aa  87.8  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>