More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2495 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 712 aa  1444    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7293  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 835 aa  312  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.607537  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2312  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 719 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00576546  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  29.96 
 
 		 692 aa  281  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4087  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 694 aa  278  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 711 aa  276  8e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1801  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 694 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0471088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10200  putative TonB-dependent receptor protein  27.55 
 
 		 694 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.965249 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3345  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 705 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3472  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 705 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.280502  normal  0.0143409 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3671  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 705 aa  244  5e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3527  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 694 aa  236  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3147  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 711 aa  228  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.116125  hitchhiker  0.00000946048 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3727  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 685 aa  224  4e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.36729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3798  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 685 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0330  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 685 aa  221  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0621  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 686 aa  221  3e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3923  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 685 aa  219  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0977  TonB-dependent siderophore receptor  28.51 
 
 		 707 aa  217  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.138127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1803  ferric vibriobactin receptor  27.22 
 
 		 687 aa  216  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 686 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4516  ferric vibriobactin receptor  26.99 
 
 		 685 aa  212  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3484  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 685 aa  203  8e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2167  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 685 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00521843  hitchhiker  0.00163603 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 853 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0343  TonB-dependent receptor plug  26.08 
 
 		 686 aa  189  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.926534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 851 aa  188  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  29.99 
 
 		 687 aa  185  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 713 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 732 aa  170  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 736 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 729 aa  164  6e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 748 aa  158  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 733 aa  155  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 757 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 743 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 744 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 743 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 794 aa  152  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 695 aa  152  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 713 aa  152  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 744 aa  150  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  24.65 
 
 		 715 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 712 aa  148  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 713 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 737 aa  147  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 690 aa  147  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 700 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 710 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 666 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 697 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 758 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 743 aa  141  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 774 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 720 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 734 aa  140  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 736 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 759 aa  139  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 741 aa  137  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  26.1 
 
 		 673 aa  137  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 802 aa  137  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 690 aa  137  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 730 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  25.25 
 
 		 729 aa  134  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 747 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 680 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 762 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 733 aa  132  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 783 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 704 aa  130  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 758 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 746 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  24.81 
 
 		 759 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 785 aa  127  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 730 aa  127  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 726 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 749 aa  126  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 750 aa  126  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 773 aa  126  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 873 aa  126  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 		 758 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 733 aa  125  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 765 aa  125  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 764 aa  124  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 771 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 735 aa  124  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  25.26 
 
 		 695 aa  123  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  23.26 
 
 		 714 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 758 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 755 aa  122  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 773 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 764 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 783 aa  120  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 761 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 733 aa  120  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 722 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 722 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 763 aa  118  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 758 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 728 aa  117  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>