198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6333 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  100 
 
 		 870 aa  1811    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  50.35 
 
 		 919 aa  858    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  31.07 
 
 		 910 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  27.7 
 
 		 907 aa  272  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  28.68 
 
 		 907 aa  269  1e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  26.36 
 
 		 936 aa  233  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.87 
 
 		 1170 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.77 
 
 		 943 aa  214  4.9999999999999996e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  24.75 
 
 		 923 aa  208  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  24.79 
 
 		 961 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  24.16 
 
 		 1665 aa  202  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  24.92 
 
 		 929 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  24.52 
 
 		 982 aa  196  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  24.74 
 
 		 964 aa  179  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  23.43 
 
 		 1112 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  27.74 
 
 		 926 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  22.97 
 
 		 1010 aa  134  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  28.18 
 
 		 1035 aa  127  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  22.88 
 
 		 907 aa  125  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  29.5 
 
 		 1111 aa  125  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  22.83 
 
 		 1013 aa  125  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  22.52 
 
 		 1093 aa  124  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  23.09 
 
 		 981 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  24.2 
 
 		 1807 aa  114  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  24.6 
 
 		 1486 aa  111  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.99 
 
 		 379 aa  109  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.29 
 
 		 1986 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  21.83 
 
 		 1986 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  21.98 
 
 		 1986 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  21.83 
 
 		 1986 aa  107  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  22.14 
 
 		 1986 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  24.44 
 
 		 875 aa  106  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  21.98 
 
 		 1986 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  30.1 
 
 		 1014 aa  100  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  24.51 
 
 		 946 aa  99.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  21.39 
 
 		 1756 aa  97.8  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  23.57 
 
 		 998 aa  95.9  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  24.71 
 
 		 985 aa  95.5  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  25.23 
 
 		 1000 aa  95.5  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  25.23 
 
 		 1000 aa  95.5  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  24.48 
 
 		 1039 aa  95.5  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  21.62 
 
 		 1955 aa  94.7  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  24.04 
 
 		 612 aa  94.4  9e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  27.5 
 
 		 952 aa  92.8  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  23.62 
 
 		 542 aa  91.7  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  23.79 
 
 		 1034 aa  91.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  21 
 
 		 1936 aa  91.3  6e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  24.95 
 
 		 1087 aa  91.3  7e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  24.49 
 
 		 976 aa  89.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  24.49 
 
 		 976 aa  89.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  24.78 
 
 		 918 aa  89  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  27.5 
 
 		 952 aa  87  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  22.86 
 
 		 1175 aa  87  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  28.46 
 
 		 1107 aa  86.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  23.12 
 
 		 968 aa  85.9  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  24.26 
 
 		 982 aa  84  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  21.99 
 
 		 1068 aa  83.2  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.372056 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  25 
 
 		 1006 aa  80.9  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  24.14 
 
 		 998 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  24.14 
 
 		 944 aa  79.7  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  24.29 
 
 		 945 aa  80.1  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.05 
 
 		 1356 aa  79.7  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  22.46 
 
 		 1683 aa  78.6  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  27.35 
 
 		 1102 aa  77.4  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  27.03 
 
 		 1351 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  27.35 
 
 		 1102 aa  76.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  23.61 
 
 		 881 aa  74.7  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  21.19 
 
 		 1025 aa  74.3  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  29.39 
 
 		 322 aa  73.9  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  23.26 
 
 		 742 aa  73.9  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  24.04 
 
 		 1100 aa  73.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  23.2 
 
 		 1176 aa  72.8  0.00000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  27.03 
 
 		 1107 aa  72.4  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  23.21 
 
 		 1123 aa  72.4  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  24.15 
 
 		 879 aa  72.4  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.28 
 
 		 1536 aa  72  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  23.82 
 
 		 1699 aa  72.4  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  25.78 
 
 		 1034 aa  70.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  21.99 
 
 		 974 aa  70.1  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  25.76 
 
 		 267 aa  69.3  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.11 
 
 		 1428 aa  69.3  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  23.47 
 
 		 1952 aa  68.2  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  24.24 
 
 		 1100 aa  67.8  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  33.55 
 
 		 731 aa  66.6  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  20.33 
 
 		 1098 aa  66.6  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  30.64 
 
 		 728 aa  65.1  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  31.93 
 
 		 742 aa  65.1  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.5 
 
 		 1980 aa  64.3  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  33.73 
 
 		 762 aa  64.3  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  22.39 
 
 		 749 aa  63.5  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  23.7 
 
 		 1976 aa  63.5  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  23.68 
 
 		 814 aa  63.9  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  22.94 
 
 		 1955 aa  63.2  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  33.73 
 
 		 742 aa  62.4  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  33.13 
 
 		 741 aa  61.6  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  24.06 
 
 		 1967 aa  61.6  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  34.62 
 
 		 735 aa  61.2  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  27.34 
 
 		 1549 aa  61.2  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  29.27 
 
 		 744 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  27.69 
 
 		 872 aa  60.8  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>