120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3983 on replicon NC_009426
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  100 
 
 		 1013 aa  2044    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  48.05 
 
 		 1014 aa  797    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  48.55 
 
 		 1010 aa  778    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  41.9 
 
 		 542 aa  353  8.999999999999999e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  30.9 
 
 		 961 aa  317  8e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  30.75 
 
 		 929 aa  317  9e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  28.61 
 
 		 982 aa  315  2.9999999999999996e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  31.45 
 
 		 936 aa  285  4.0000000000000003e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  30.79 
 
 		 964 aa  279  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  30.57 
 
 		 926 aa  278  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  27.58 
 
 		 1035 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  28.25 
 
 		 923 aa  238  4e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  28.29 
 
 		 1665 aa  233  9e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.86 
 
 		 943 aa  225  4e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  25.8 
 
 		 1170 aa  220  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  37.62 
 
 		 1756 aa  208  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  40.65 
 
 		 1486 aa  188  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  40.67 
 
 		 1807 aa  181  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  35.53 
 
 		 1111 aa  178  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  27.19 
 
 		 875 aa  171  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  30.17 
 
 		 1955 aa  164  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  33.92 
 
 		 1936 aa  162  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  23 
 
 		 1112 aa  160  8e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  26.4 
 
 		 907 aa  159  3e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  26.34 
 
 		 1351 aa  159  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.39 
 
 		 1986 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.39 
 
 		 1986 aa  157  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.39 
 
 		 1986 aa  157  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.18 
 
 		 1986 aa  157  9e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.18 
 
 		 1986 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  29.18 
 
 		 1986 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  26.34 
 
 		 612 aa  149  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  23.58 
 
 		 870 aa  137  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  38.96 
 
 		 261 aa  135  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  25.56 
 
 		 907 aa  133  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  27.7 
 
 		 1087 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.62 
 
 		 919 aa  127  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  37.19 
 
 		 910 aa  126  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  26.28 
 
 		 918 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  33.55 
 
 		 379 aa  121  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  26.96 
 
 		 1428 aa  109  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  24.72 
 
 		 1174 aa  108  5e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  33.78 
 
 		 907 aa  105  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  35.47 
 
 		 1175 aa  94  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.38 
 
 		 1623 aa  91.7  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  25.15 
 
 		 1386 aa  87.4  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.48 
 
 		 1176 aa  87.4  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  31.16 
 
 		 1093 aa  84.7  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  25.67 
 
 		 981 aa  84.3  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  25.3 
 
 		 946 aa  79.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32 
 
 		 1184 aa  78.2  0.0000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  23.17 
 
 		 1549 aa  76.6  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  30 
 
 		 322 aa  76.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  34.97 
 
 		 1980 aa  73.9  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  25.75 
 
 		 1797 aa  74.3  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  30.65 
 
 		 945 aa  74.3  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  25.86 
 
 		 2090 aa  71.6  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  31.25 
 
 		 957 aa  70.9  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  25.7 
 
 		 1231 aa  70.1  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.8 
 
 		 944 aa  70.1  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.78 
 
 		 1098 aa  69.7  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  25.24 
 
 		 1952 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  26.08 
 
 		 1836 aa  66.2  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.97 
 
 		 1098 aa  66.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  24.62 
 
 		 1967 aa  65.5  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  29.46 
 
 		 1107 aa  65.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  24.2 
 
 		 1976 aa  65.1  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.52 
 
 		 1356 aa  62.8  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  24.14 
 
 		 1189 aa  62.4  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  24.9 
 
 		 1955 aa  62.4  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  28.78 
 
 		 1683 aa  61.6  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  32.43 
 
 		 1026 aa  60.8  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  30.04 
 
 		 1107 aa  58.9  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  25.59 
 
 		 1529 aa  58.5  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  30 
 
 		 1102 aa  58.5  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.98 
 
 		 1536 aa  58.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  27.51 
 
 		 1520 aa  58.2  0.0000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  27.95 
 
 		 1000 aa  58.2  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  27.95 
 
 		 1000 aa  58.2  0.0000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  28.52 
 
 		 974 aa  57.8  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  32.14 
 
 		 952 aa  57.4  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  30 
 
 		 1102 aa  56.6  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  32.14 
 
 		 952 aa  57  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.49 
 
 		 1095 aa  56.6  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  28.32 
 
 		 1123 aa  55.8  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30.56 
 
 		 1102 aa  55.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  30.35 
 
 		 982 aa  55.5  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  29.38 
 
 		 1034 aa  55.1  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  25.82 
 
 		 1034 aa  54.7  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  27.3 
 
 		 1699 aa  54.3  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  30.38 
 
 		 1039 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  26.7 
 
 		 998 aa  53.5  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  30.65 
 
 		 738 aa  53.1  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  29.06 
 
 		 1100 aa  53.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  27.85 
 
 		 976 aa  52.8  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  27.85 
 
 		 976 aa  52.8  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.04 
 
 		 1105 aa  52.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.02 
 
 		 1538 aa  52.4  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  27.23 
 
 		 1557 aa  52  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  27.63 
 
 		 1100 aa  52  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>