110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2354 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  100 
 
 		 1351 aa  2793    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  27.5 
 
 		 964 aa  236  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.85 
 
 		 961 aa  218  8e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  27.95 
 
 		 936 aa  211  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.05 
 
 		 1112 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.18 
 
 		 943 aa  172  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  27.75 
 
 		 1010 aa  163  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  25.46 
 
 		 929 aa  159  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.19 
 
 		 1170 aa  159  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  31.27 
 
 		 1035 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  36.77 
 
 		 923 aa  152  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  25.43 
 
 		 926 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  25.78 
 
 		 1013 aa  149  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  30.9 
 
 		 1111 aa  143  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  26.69 
 
 		 1014 aa  135  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  25.55 
 
 		 1665 aa  132  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  26.75 
 
 		 542 aa  131  8.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  29.75 
 
 		 1955 aa  129  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  30.3 
 
 		 1486 aa  121  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  30.97 
 
 		 982 aa  115  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  33.47 
 
 		 1807 aa  112  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  29.77 
 
 		 1756 aa  105  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  32.73 
 
 		 910 aa  104  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  24.26 
 
 		 907 aa  102  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  25.53 
 
 		 907 aa  101  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  31.71 
 
 		 1967 aa  98.6  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  27.9 
 
 		 1976 aa  97.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  35.02 
 
 		 379 aa  96.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  23.23 
 
 		 1093 aa  94.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  25.29 
 
 		 1623 aa  87.8  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  25.95 
 
 		 1087 aa  85.5  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  24.85 
 
 		 875 aa  82.8  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1986 aa  82  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1986 aa  82  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1986 aa  82  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1986 aa  82  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1986 aa  82  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  27.83 
 
 		 919 aa  81.6  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  33.05 
 
 		 1797 aa  81.3  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  31.03 
 
 		 1836 aa  81.3  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  27.93 
 
 		 1986 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  27.12 
 
 		 1936 aa  80.1  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.15 
 
 		 1952 aa  79.3  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  25.58 
 
 		 968 aa  79  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  26.34 
 
 		 1955 aa  77.4  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  27.03 
 
 		 870 aa  76.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  30.83 
 
 		 1231 aa  76.3  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  25.04 
 
 		 1386 aa  75.9  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  27.49 
 
 		 907 aa  75.9  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  28.29 
 
 		 1428 aa  75.1  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  24.36 
 
 		 612 aa  73.2  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  29.65 
 
 		 2090 aa  72.8  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  26.98 
 
 		 1176 aa  69.7  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  25 
 
 		 998 aa  69.7  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  29.3 
 
 		 322 aa  69.7  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.24 
 
 		 945 aa  68.9  0.0000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0375  hypothetical protein  47.76 
 
 		 87 aa  68.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.513579 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  29.24 
 
 		 946 aa  68.2  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  28.65 
 
 		 944 aa  67.8  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  23.77 
 
 		 1549 aa  68.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  29.44 
 
 		 1529 aa  66.6  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  29.34 
 
 		 1980 aa  65.5  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  28.57 
 
 		 1175 aa  64.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  23.85 
 
 		 1174 aa  65.1  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.9 
 
 		 1523 aa  63.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.9 
 
 		 1523 aa  63.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  25.29 
 
 		 985 aa  63.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  28.71 
 
 		 981 aa  63.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  25.88 
 
 		 1184 aa  63.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.11 
 
 		 1356 aa  62.8  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  25.22 
 
 		 1481 aa  62.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  23.76 
 
 		 952 aa  62.4  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4256  TrwC relaxase  27.7 
 
 		 1026 aa  61.2  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  24.32 
 
 		 1039 aa  61.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  28.77 
 
 		 957 aa  61.2  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  23.99 
 
 		 952 aa  60.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  24.54 
 
 		 998 aa  59.7  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  25.39 
 
 		 918 aa  60.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  26.24 
 
 		 1107 aa  58.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  29.17 
 
 		 1025 aa  58.5  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  24.32 
 
 		 1034 aa  57.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  25.4 
 
 		 814 aa  57.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  24.29 
 
 		 976 aa  57  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  24.29 
 
 		 976 aa  57  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  23.68 
 
 		 1034 aa  57  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  24.47 
 
 		 974 aa  55.8  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3338  hypothetical protein  23.1 
 
 		 1520 aa  55.5  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.389694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  23.26 
 
 		 982 aa  55.5  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  25.51 
 
 		 1557 aa  53.1  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.42 
 
 		 1098 aa  53.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.03 
 
 		 1536 aa  51.6  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  24.58 
 
 		 1098 aa  50.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.66 
 
 		 1105 aa  50.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.68 
 
 		 1683 aa  49.7  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  28.18 
 
 		 1699 aa  49.7  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  27.08 
 
 		 1245 aa  49.7  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  32.69 
 
 		 740 aa  49.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  23.55 
 
 		 1000 aa  48.9  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  23.55 
 
 		 1000 aa  48.9  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  26.9 
 
 		 1107 aa  48.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>