More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8131 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  100 
 
 		 1100 aa  2239    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  66.4 
 
 		 1107 aa  1516    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  93.27 
 
 		 1123 aa  2098    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  83.45 
 
 		 1100 aa  1893    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  59.08 
 
 		 1356 aa  890    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  65.22 
 
 		 1107 aa  1447    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  46.8 
 
 		 1557 aa  650    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  66.06 
 
 		 1102 aa  1502    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  65.88 
 
 		 1102 aa  1499    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.57 
 
 		 1536 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.6 
 
 		 1245 aa  601  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.48 
 
 		 1538 aa  594  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.01 
 
 		 1534 aa  581  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39 
 
 		 1102 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.29 
 
 		 1095 aa  555  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.09 
 
 		 1098 aa  554  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.32 
 
 		 1098 aa  549  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  40.5 
 
 		 952 aa  538  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  40.9 
 
 		 952 aa  534  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.46 
 
 		 1105 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  39.68 
 
 		 974 aa  512  1e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  39.16 
 
 		 998 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  40.68 
 
 		 976 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  40.68 
 
 		 976 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  39.88 
 
 		 1034 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  38.97 
 
 		 1039 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  40.52 
 
 		 814 aa  491  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  39.04 
 
 		 1000 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  39.04 
 
 		 1000 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  39.43 
 
 		 985 aa  489  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  39.53 
 
 		 998 aa  489  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  39.12 
 
 		 982 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  37.12 
 
 		 968 aa  478  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  38.78 
 
 		 1034 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  38.96 
 
 		 1025 aa  473  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  38.79 
 
 		 1006 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.02 
 
 		 881 aa  337  7e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.15 
 
 		 879 aa  333  1e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.02 
 
 		 907 aa  274  7e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.04 
 
 		 1168 aa  266  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  38.2 
 
 		 1093 aa  234  7.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.58 
 
 		 918 aa  187  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  38.43 
 
 		 544 aa  177  9.999999999999999e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  32.88 
 
 		 447 aa  164  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  38.52 
 
 		 726 aa  156  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  38.84 
 
 		 267 aa  156  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  37.34 
 
 		 730 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  36.29 
 
 		 465 aa  142  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  33.33 
 
 		 1175 aa  142  4.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  36.92 
 
 		 719 aa  140  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.61 
 
 		 1184 aa  133  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  35.69 
 
 		 673 aa  131  6e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  33.42 
 
 		 1174 aa  130  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.79 
 
 		 981 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  33.69 
 
 		 498 aa  121  7e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  29.03 
 
 		 1549 aa  120  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  31.27 
 
 		 1176 aa  119  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.15 
 
 		 943 aa  111  8.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  26.97 
 
 		 710 aa  110  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  28.76 
 
 		 1481 aa  110  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.7 
 
 		 1189 aa  109  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  28.18 
 
 		 1836 aa  109  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  30.22 
 
 		 501 aa  108  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.72 
 
 		 929 aa  108  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  31.11 
 
 		 506 aa  108  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  36.08 
 
 		 361 aa  108  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  30.96 
 
 		 946 aa  108  6e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  33.01 
 
 		 926 aa  108  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  26.93 
 
 		 1623 aa  106  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  30.75 
 
 		 1797 aa  105  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.47 
 
 		 1523 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.47 
 
 		 1523 aa  103  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  50.46 
 
 		 379 aa  103  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  29.53 
 
 		 1976 aa  101  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  28.2 
 
 		 2090 aa  100  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  29.52 
 
 		 407 aa  100  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  30.38 
 
 		 1386 aa  97.8  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  33.33 
 
 		 498 aa  96.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  27.45 
 
 		 1980 aa  96.7  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.47 
 
 		 1231 aa  96.3  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  33.73 
 
 		 467 aa  95.5  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  31.06 
 
 		 766 aa  95.1  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.75 
 
 		 637 aa  93.6  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  28.78 
 
 		 964 aa  92.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  29.25 
 
 		 1486 aa  90.5  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  27.08 
 
 		 872 aa  89.4  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.92 
 
 		 1170 aa  89  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.01 
 
 		 944 aa  88.2  8e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  30.39 
 
 		 1967 aa  87.8  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  30.51 
 
 		 982 aa  84.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  28.57 
 
 		 945 aa  84  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  27.51 
 
 		 659 aa  84.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  24.21 
 
 		 711 aa  83.6  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  25.68 
 
 		 1683 aa  84  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  33.16 
 
 		 511 aa  83.2  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  29.39 
 
 		 919 aa  83.2  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  29.02 
 
 		 1936 aa  82.8  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3804  ATPase  39.29 
 
 		 686 aa  82.8  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.101814  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  29.48 
 
 		 961 aa  82.4  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  26.53 
 
 		 747 aa  82  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>