More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0178 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  65.99 
 
 		 985 aa  911    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  58.79 
 
 		 1025 aa  780    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  64.84 
 
 		 1000 aa  875    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  64.84 
 
 		 1000 aa  875    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  65.08 
 
 		 1034 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  63.96 
 
 		 1034 aa  880    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  65.43 
 
 		 998 aa  924    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  63.53 
 
 		 1006 aa  865    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  100 
 
 		 814 aa  1615    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  64.91 
 
 		 1039 aa  919    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  64.97 
 
 		 974 aa  936    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  65.07 
 
 		 982 aa  910    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  68.41 
 
 		 968 aa  937    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  66.67 
 
 		 976 aa  923    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  61.22 
 
 		 952 aa  952    Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  66.21 
 
 		 998 aa  926    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  66.67 
 
 		 976 aa  923    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  60.62 
 
 		 952 aa  943    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  41.16 
 
 		 1100 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  41.25 
 
 		 1107 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  39.61 
 
 		 1102 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  40.52 
 
 		 1100 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.28 
 
 		 1105 aa  505  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  37.31 
 
 		 1102 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  40.9 
 
 		 1107 aa  501  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  40.52 
 
 		 1123 aa  498  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.23 
 
 		 1102 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  42.18 
 
 		 1245 aa  479  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  39.97 
 
 		 1557 aa  481  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.97 
 
 		 1098 aa  478  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.46 
 
 		 1098 aa  475  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.59 
 
 		 1095 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.66 
 
 		 1356 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.41 
 
 		 1536 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.21 
 
 		 1538 aa  441  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.95 
 
 		 1534 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  57.67 
 
 		 447 aa  399  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.78 
 
 		 881 aa  372  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.64 
 
 		 879 aa  365  2e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  33.97 
 
 		 1168 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  65.16 
 
 		 267 aa  278  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  34.14 
 
 		 907 aa  275  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  36.74 
 
 		 1093 aa  231  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  46.58 
 
 		 719 aa  214  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  42.74 
 
 		 730 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  44.35 
 
 		 726 aa  197  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  37.07 
 
 		 544 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.18 
 
 		 918 aa  174  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  46.23 
 
 		 361 aa  172  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  43.33 
 
 		 498 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  40.4 
 
 		 465 aa  160  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  39 
 
 		 506 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  33.84 
 
 		 673 aa  150  1.0000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  38.33 
 
 		 498 aa  148  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  38.19 
 
 		 501 aa  145  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  31.89 
 
 		 981 aa  139  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  31.16 
 
 		 1174 aa  131  6e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  34 
 
 		 1184 aa  130  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  39.29 
 
 		 407 aa  127  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  30.59 
 
 		 1481 aa  124  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  34.8 
 
 		 766 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  52.67 
 
 		 379 aa  122  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4107  MobA/MobL protein  37.14 
 
 		 310 aa  121  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.372473 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  33.93 
 
 		 1176 aa  120  7.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  29.73 
 
 		 1797 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  31.94 
 
 		 1175 aa  117  8.999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  30.64 
 
 		 1386 aa  109  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.94 
 
 		 1170 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  32.78 
 
 		 1836 aa  108  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  38.77 
 
 		 467 aa  107  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  29.21 
 
 		 1683 aa  106  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  31.58 
 
 		 926 aa  98.6  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  28.19 
 
 		 1549 aa  97.8  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  30.51 
 
 		 1967 aa  98.2  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  29.45 
 
 		 1681 aa  96.3  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  29.02 
 
 		 1699 aa  94.4  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  33.42 
 
 		 872 aa  92  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.12 
 
 		 1980 aa  91.3  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  30.05 
 
 		 1623 aa  90.1  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  29.34 
 
 		 1976 aa  90.1  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  28.45 
 
 		 1231 aa  88.6  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  29.98 
 
 		 866 aa  88.6  5e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.73 
 
 		 1523 aa  87.8  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.73 
 
 		 1523 aa  87.8  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  29.4 
 
 		 637 aa  87.4  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  29.85 
 
 		 727 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  29.68 
 
 		 961 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5322  hypothetical protein  64.71 
 
 		 97 aa  85.9  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.642861  normal  0.725419 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  33.33 
 
 		 2090 aa  85.1  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p07  hypothetical protein  32.37 
 
 		 160 aa  84.3  0.000000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.08 
 
 		 726 aa  83.6  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27.49 
 
 		 1665 aa  83.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  24.29 
 
 		 710 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  27.27 
 
 		 1189 aa  83.2  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  35.85 
 
 		 982 aa  81.6  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  29.61 
 
 		 768 aa  81.3  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.46 
 
 		 721 aa  81.3  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  26.67 
 
 		 719 aa  80.1  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  24.6 
 
 		 919 aa  79.7  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  29.56 
 
 		 964 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>