More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_3191 on replicon NC_008036
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  64.97 
 
 
814 aa  933    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  63.67 
 
 
952 aa  1188    Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  61.52 
 
 
968 aa  1122    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  59.84 
 
 
985 aa  1111    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  57.63 
 
 
1000 aa  1039    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  57.63 
 
 
1000 aa  1039    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  58.18 
 
 
1034 aa  1107    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  57 
 
 
1034 aa  1044    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  59.59 
 
 
998 aa  1116    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  58.32 
 
 
1006 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  58.78 
 
 
1039 aa  1131    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  63.72 
 
 
952 aa  1185    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  100 
 
 
974 aa  1979    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  58.96 
 
 
982 aa  1097    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  60.66 
 
 
976 aa  1139    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  60.66 
 
 
976 aa  1139    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  49.62 
 
 
1025 aa  873    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  59.07 
 
 
998 aa  1090    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  36.93 
 
 
1100 aa  531  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  39.75 
 
 
1102 aa  531  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  39.37 
 
 
1102 aa  528  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  39.68 
 
 
1100 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  39.8 
 
 
1123 aa  524  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.48 
 
 
1105 aa  526  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  40.1 
 
 
1107 aa  522  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.33 
 
 
1098 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.12 
 
 
1102 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.06 
 
 
1095 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  41.01 
 
 
1098 aa  497  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  38.78 
 
 
1107 aa  492  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.92 
 
 
1245 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  38.85 
 
 
1557 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.28 
 
 
1538 aa  465  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  65.15 
 
 
447 aa  466  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.52 
 
 
1356 aa  459  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.5 
 
 
1536 aa  451  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.34 
 
 
1534 aa  427  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.74 
 
 
881 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  32.65 
 
 
879 aa  398  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  33.98 
 
 
1168 aa  348  3e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  37.96 
 
 
907 aa  299  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  64.25 
 
 
267 aa  286  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  38.62 
 
 
1093 aa  256  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  48 
 
 
719 aa  227  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  41.69 
 
 
379 aa  227  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal 
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  44.07 
 
 
730 aa  210  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  44.44 
 
 
726 aa  205  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  31.29 
 
 
918 aa  196  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  35.88 
 
 
544 aa  194  7e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  45.76 
 
 
498 aa  189  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  45.69 
 
 
361 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  43.43 
 
 
465 aa  177  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  43.22 
 
 
506 aa  161  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  42.71 
 
 
501 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  39.33 
 
 
498 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.88 
 
 
1176 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  33.46 
 
 
673 aa  147  8.000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  39.52 
 
 
766 aa  146  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  30.77 
 
 
1184 aa  135  3.9999999999999996e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.33 
 
 
1174 aa  132  3e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  30.75 
 
 
1175 aa  130  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  30.75 
 
 
981 aa  130  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.44 
 
 
1797 aa  127  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  43.04 
 
 
467 aa  127  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  36.03 
 
 
407 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  29.93 
 
 
1967 aa  120  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  28.91 
 
 
1976 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  27.47 
 
 
1481 aa  117  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  29.86 
 
 
1836 aa  117  8.999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  28.29 
 
 
1189 aa  111  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.36 
 
 
1231 aa  109  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  26.96 
 
 
1980 aa  108  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4107  MobA/MobL protein  35.43 
 
 
310 aa  106  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.675115  normal  0.372473 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  32.2 
 
 
926 aa  102  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  26.05 
 
 
1486 aa  102  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.65 
 
 
1683 aa  101  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  25.57 
 
 
710 aa  99.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.74 
 
 
1523 aa  98.2  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.74 
 
 
1523 aa  98.2  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3587  exonuclease V subunit alpha  28.64 
 
 
1699 aa  97.1  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.246341 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  26.82 
 
 
1170 aa  97.4  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  28.21 
 
 
1955 aa  97.4  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  24.75 
 
 
1549 aa  94  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  28.5 
 
 
1665 aa  93.6  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  27.71 
 
 
872 aa  94  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  26.93 
 
 
1952 aa  94  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3226  aldehyde dehydrogenase  28.34 
 
 
1681 aa  93.2  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p07  hypothetical protein  35.04 
 
 
160 aa  90.9  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  26.47 
 
 
1623 aa  90.1  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  28.42 
 
 
717 aa  89.4  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  28.42 
 
 
717 aa  89.4  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  28.42 
 
 
717 aa  89.4  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.04 
 
 
721 aa  88.6  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  26.4 
 
 
1386 aa  88.6  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.31 
 
 
637 aa  87  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  30.4 
 
 
2090 aa  87.4  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  23.71 
 
 
964 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0858  TrwC relaxase  25.67 
 
 
1208 aa  87.8  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  25.42 
 
 
961 aa  86.7  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3692  TrwC relaxase  25 
 
 
1068 aa  84.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.372056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>