More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4540 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  65.22 
 
 		 1100 aa  1454    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  61.45 
 
 		 1356 aa  920    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  65.76 
 
 		 1100 aa  1474    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  100 
 
 		 1107 aa  2234    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  46.76 
 
 		 1557 aa  650    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  62.6 
 
 		 1102 aa  1424    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  62.87 
 
 		 1102 aa  1432    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  65.71 
 
 		 1107 aa  1507    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  65.13 
 
 		 1123 aa  1450    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  47.22 
 
 		 1538 aa  630  1e-179  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.57 
 
 		 1536 aa  623  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  47.87 
 
 		 1245 aa  617  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.87 
 
 		 1534 aa  588  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.01 
 
 		 1098 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.35 
 
 		 1095 aa  558  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.97 
 
 		 1098 aa  559  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.38 
 
 		 1102 aa  551  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.98 
 
 		 1105 aa  521  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  40.61 
 
 		 952 aa  518  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  40.87 
 
 		 952 aa  517  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  40.02 
 
 		 998 aa  514  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.05 
 
 		 998 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  40.12 
 
 		 982 aa  504  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  40.71 
 
 		 976 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.91 
 
 		 1034 aa  500  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  40.42 
 
 		 1039 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  40.71 
 
 		 976 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  40.2 
 
 		 968 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  39.74 
 
 		 985 aa  492  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  40.9 
 
 		 814 aa  486  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  39.5 
 
 		 1025 aa  485  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  40.08 
 
 		 1034 aa  479  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  38.78 
 
 		 974 aa  479  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  39.39 
 
 		 1000 aa  475  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  39.39 
 
 		 1000 aa  475  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  38.74 
 
 		 1006 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.44 
 
 		 881 aa  348  4e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  30.93 
 
 		 879 aa  333  9e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  30.42 
 
 		 1168 aa  276  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.52 
 
 		 907 aa  270  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  37.78 
 
 		 1093 aa  228  7e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  32.86 
 
 		 918 aa  183  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.67 
 
 		 267 aa  170  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  33.72 
 
 		 544 aa  147  9e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  31.93 
 
 		 447 aa  147  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  33.61 
 
 		 1184 aa  147  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  34.5 
 
 		 1175 aa  145  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  34.08 
 
 		 1174 aa  140  1e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  36.73 
 
 		 730 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  36.02 
 
 		 726 aa  135  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  32.79 
 
 		 981 aa  132  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.46 
 
 		 1176 aa  128  5e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  30.79 
 
 		 926 aa  124  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  32.81 
 
 		 719 aa  124  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  30.07 
 
 		 1481 aa  123  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  27.86 
 
 		 710 aa  122  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  36.11 
 
 		 498 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  28.62 
 
 		 673 aa  119  3.9999999999999997e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  33.81 
 
 		 964 aa  117  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.33 
 
 		 1231 aa  115  7.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  28.72 
 
 		 1549 aa  114  8.000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  32.07 
 
 		 946 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  28.77 
 
 		 1797 aa  112  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  31.82 
 
 		 465 aa  112  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  28.64 
 
 		 1623 aa  112  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  30.04 
 
 		 1836 aa  110  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  29.17 
 
 		 1523 aa  105  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  29.17 
 
 		 1523 aa  105  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  27.63 
 
 		 945 aa  105  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  30.69 
 
 		 1386 aa  103  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.32 
 
 		 1980 aa  103  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  27.59 
 
 		 944 aa  102  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  27.82 
 
 		 2090 aa  102  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.64 
 
 		 929 aa  100  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  30.8 
 
 		 1170 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  29.85 
 
 		 1976 aa  99  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.38 
 
 		 1189 aa  98.2  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  32.46 
 
 		 361 aa  96.3  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  50 
 
 		 379 aa  95.9  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  28.64 
 
 		 501 aa  95.1  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  29.01 
 
 		 1967 aa  95.1  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  29.75 
 
 		 919 aa  95.1  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.72 
 
 		 637 aa  94.7  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  26.53 
 
 		 1665 aa  94.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  30.43 
 
 		 407 aa  94  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  31.28 
 
 		 516 aa  94.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  28.74 
 
 		 961 aa  94.4  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  31.28 
 
 		 511 aa  94.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  24.93 
 
 		 1112 aa  93.6  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3542  aldehyde dehydrogenase  27.34 
 
 		 1683 aa  93.2  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.311883  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  31.87 
 
 		 498 aa  92.8  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  24.95 
 
 		 711 aa  92.4  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  29.89 
 
 		 726 aa  90.9  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  28.18 
 
 		 506 aa  90.9  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  27.47 
 
 		 957 aa  90.1  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  28.07 
 
 		 1529 aa  89  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  32.4 
 
 		 943 aa  87  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  28.46 
 
 		 870 aa  87  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  28.84 
 
 		 872 aa  87  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  26.91 
 
 		 738 aa  85.9  0.000000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>