More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5575 on replicon NC_011758
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  100 
 
 		 1245 aa  2465    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  45.43 
 
 		 1107 aa  624  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  47.87 
 
 		 1107 aa  624  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  45.45 
 
 		 1100 aa  615  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  44.86 
 
 		 1100 aa  612  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  44.46 
 
 		 1123 aa  605  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  43.08 
 
 		 1102 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.97 
 
 		 1356 aa  598  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  47.29 
 
 		 1557 aa  597  1e-169  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  42.96 
 
 		 1102 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  44.25 
 
 		 1536 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.67 
 
 		 1538 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.22 
 
 		 1534 aa  550  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  42.42 
 
 		 1105 aa  535  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.91 
 
 		 1095 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.76 
 
 		 1102 aa  512  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  40.78 
 
 		 1098 aa  502  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  41.25 
 
 		 952 aa  501  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.88 
 
 		 1098 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  40.72 
 
 		 952 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  39.92 
 
 		 974 aa  488  1e-136  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  42.5 
 
 		 998 aa  484  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  42.59 
 
 		 814 aa  475  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  41.44 
 
 		 1034 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.08 
 
 		 998 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  41.04 
 
 		 1039 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  41.32 
 
 		 1000 aa  469  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  41.32 
 
 		 1000 aa  469  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  41.18 
 
 		 982 aa  468  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  41.52 
 
 		 976 aa  466  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  41.52 
 
 		 976 aa  466  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  39.95 
 
 		 968 aa  462  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  41.18 
 
 		 985 aa  458  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  41.35 
 
 		 1034 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  40.57 
 
 		 1025 aa  452  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  40.23 
 
 		 1006 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.28 
 
 		 881 aa  324  6e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  31.41 
 
 		 879 aa  323  1.9999999999999998e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  31.35 
 
 		 1168 aa  263  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  38.1 
 
 		 907 aa  258  5e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  38.78 
 
 		 1093 aa  239  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  33.67 
 
 		 918 aa  162  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  34.31 
 
 		 447 aa  160  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.99 
 
 		 267 aa  155  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  32.62 
 
 		 981 aa  139  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  37.15 
 
 		 726 aa  139  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  36.36 
 
 		 730 aa  137  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  33.52 
 
 		 1836 aa  130  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  36.78 
 
 		 719 aa  129  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  32.75 
 
 		 1174 aa  128  6e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.26 
 
 		 1184 aa  126  3e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  32.14 
 
 		 544 aa  125  6e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  34.75 
 
 		 1176 aa  125  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  32.75 
 
 		 1481 aa  120  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  30.45 
 
 		 1976 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  34.9 
 
 		 673 aa  114  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  31.36 
 
 		 465 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  30.37 
 
 		 926 aa  111  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  33.58 
 
 		 637 aa  111  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  29.64 
 
 		 2090 aa  108  7e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  31.36 
 
 		 501 aa  107  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  28.6 
 
 		 1623 aa  106  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  27.27 
 
 		 964 aa  105  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  29.73 
 
 		 1967 aa  105  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  28.69 
 
 		 1170 aa  104  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  30.69 
 
 		 1797 aa  104  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  31.25 
 
 		 498 aa  103  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  29.27 
 
 		 1549 aa  103  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  30.41 
 
 		 1231 aa  103  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  30.91 
 
 		 506 aa  101  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  31.03 
 
 		 1175 aa  101  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  27.93 
 
 		 1486 aa  99.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  31.87 
 
 		 982 aa  99.4  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  30.39 
 
 		 766 aa  99.4  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  30.34 
 
 		 1523 aa  98.6  7e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  30.34 
 
 		 1523 aa  98.6  7e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  30.57 
 
 		 1386 aa  97.4  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  28.4 
 
 		 1980 aa  97.4  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  30.73 
 
 		 872 aa  97.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  29.11 
 
 		 945 aa  96.3  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  32.72 
 
 		 407 aa  95.9  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  29.19 
 
 		 1955 aa  94.7  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  27.39 
 
 		 710 aa  92.4  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  29.59 
 
 		 943 aa  92.4  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  26.94 
 
 		 961 aa  92.4  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  27.01 
 
 		 929 aa  91.7  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.93 
 
 		 944 aa  90.9  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  28.68 
 
 		 511 aa  89.4  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.63 
 
 		 721 aa  89.4  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  27.07 
 
 		 717 aa  88.6  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  27.07 
 
 		 717 aa  88.6  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  27.07 
 
 		 717 aa  88.6  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.92 
 
 		 1952 aa  88.6  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  30.42 
 
 		 726 aa  87.8  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1721  exonuclease V subunit alpha  30.84 
 
 		 866 aa  87.8  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  29.95 
 
 		 946 aa  87.8  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0188  putative helicase  27.21 
 
 		 788 aa  87  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0609464  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2305  AAA ATPase  26.39 
 
 		 747 aa  87  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.476827  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  44.64 
 
 		 379 aa  86.7  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  29.91 
 
 		 361 aa  85.5  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>